京杭运河兴于元明清时期,彼时黄河自南宋以来南徙经兰考、民权、商丘,砀山、徐州、宿迁、淮安、涟水县,由江苏省滨海入黄海,(即现黄河故道),以此延续近700年直到1855年北袭夺大清河入海。当时京杭运河与黄河交汇处为江苏省淮安市。京杭运河在清口(今江苏省淮阴市西)与黄河、淮河相交,是三条河流治理的重点。由于黄河的逐步淤积抬高,造成淮河水排泄困难,黄河水位高时还要倒灌运河和洪泽湖,造成清口过船困难,也使里运河经常受淮水经洪泽湖排泄泛溢的危害。为此,在高邮以下的里运河东堤上修建多座归海坝,在邵伯以下修多条归江水道和相应的归江坝,排泄淮水归海归江,里运河成为淮河的行水排洪河道。道光年间,船只过清口更加困难。因为黄高运低,为缩小黄运之间的水头差,而采取弯道,故有“三湾顶一坝 ”之说,今淮阴西南的一段运河,与黄河之间就变成“之”字形弯道。同时在淮安与马头镇之间不断开凿引河,以人力、畜力牵挽,漕船才能出闸过黄。不幸的是1855年黄河改道,由江苏云梯关入海变为山东利津入海,截断了京杭运河山东段。为了打通山东段运河,就在黄河穿运处筑坝设闸,“借黄济运”。不久黄河又在郑州决口,泛滥于淮北大平原,山东黄河断流,无水可借,大运河漕运再次受到打击。目前,大运河在山东的东平湖至位山间与黄河交汇。黄河以北的鲁北运河,也称位山、临清运河,原河段已淤塞。1958年另选新线,长104公里,但未开挖。1960~1968年,根据引黄输水要求,开挖了周店至尚店76公里渠道,两头河段尚未开挖。黄河以南的鲁南运河,国那里至梁山段称东平湖湖西航道,长20公里,1968年虽经疏浚整治,但河道严重淤积,水深不足,尚不能通航。