从2014年起，《浙江农业学报》启用新版网站。由于《浙江农业学报》与《浙江农业科学》均由浙江省农业科学院期刊编辑出版中心负责编辑、管理，因此在新版网站中，两本杂志共享同一网络主入口。进入页面后，会显示浙江省农业科学院期刊编辑出版中心标识及两本杂志的封面，可分别选择相应封面进入《浙江农业科学》或《浙江农业学报》网站，并在相应的新打开的页面中选择在线投稿模块，进行投稿。由于网络上存在部分假冒网站，域名极其相似，部分网站甚至盗用刊物封面设计与内容，具有较高的迷惑性，请读者及作者注意辨识，以免遭受不必要的损失。
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