根据上述职责,自治区畜牧厅设7个内设机构:(一)办公室负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作;承担修志、信息、保密、信访、计划生育、安全保卫、社会治安综合治理和外事接待等工作;承担重大突发事件应急综合管理和行政审批综合办公有关工作;负责厅规定事项的督促检查。(二)畜牧处拟订自治区畜牧业年度生产计划及扶持畜牧业发展的政策并组织实施,监督减轻牧民负担工作;承担畜牧业重大建设项目的协调管理相关工作;组织畜禽遗传资源的保护及合理开发利用工作;协调畜牧业生产、经营和市场等方面工作;指导畜牧业抗灾保畜、牧区防灾基础设施建设和对口扶贫工作;承担畜禽品种改良及良种繁育体系的规划和建设。(三)草原处拟订自治区发展草业的方针政策、草原保护建设的整体规划及年度计划并组织实施;承担牧民定居建设的相关工作;指导饲草料生产体系和牧草种子繁育体系建设;依法办理权限内草原行政许可事项;依法落实草原有偿承包责任制;依据《草原法》的有关规定,承担自治区级草地类自然保护区建立的相关工作;组织协调、指导监督草原监理、防火、技术推广和鼠虫害防治工作。(四)科教处制定自治区科技兴牧计划并组织实施;承担重大畜牧科研课题和科技推广项目的管理工作;组织重大科研和技术推广项目的遴选、实施验收、鉴定成果申报和奖励;组织引进国外畜牧业先进技术;指导畜牧系统科技综合示范点的科技推广、技术市场及科技博览工作;拟订畜牧行业地方标准并监督执行;指导畜产品质量监督管理体系的建设;参与农村实用人才培训工程和农村劳动力转移就业培训工作。(五)计划财务处拟订自治区畜牧业中长期发展规划,编制年度计划;协调实施畜牧业生产、开发、建设计划;负责畜牧业各类资金的管理,并对资金使用情况及经济效益进行监督检查和绩效评价;指导畜牧业结构和布局调整;综合、提出畜牧行业基本建设项目;承担畜牧业统计工作;负责厅机关财务工作,指导监督厅属单位财务、国有资产、政府采购管理工作;组织开展内部审计。(六)政策法规处组织宣传贯彻实施国家及自治区关于畜牧业方面的方针政策和法律、法规;拟订自治区畜牧业发展的政策、法规;负责畜牧业行业执法监督检查,查处纠正违法行政行为;承担全区畜牧执法人员培训及执法资格审定的相关工作;承担畜牧业行政复议。(七)组织人事处负责厅机关及直属单位人事管理和机构编制工作;指导畜牧业职业技能开发工作;会同有关部门依法实施畜牧业农村人才专业技术资格和从业资格审核管理工作。机关党委负责机关党群工作,指导厅属单位的党群工作。监察室(与纪检组合署办公)为自治区纪委(监察厅)派驻机构,负责机关和直属单位的纪律检查和行政监察工作。离退休干部工作处负责机关离退休干部工作,指导厅属单位离退休干部工作。