南京中医药大学图书馆现有馆藏中外文图书、期刊合订本及线装古籍50万册。其中中医药图书5万种10万余册,中医药期刊与现代医药、生物学期刊等2754种,外文医药期刊现刊102种,现刊1100多种。建国后公开出版的中医药图书入藏率95%以上,中医药期刊入藏率近100%。中文医学期刊式索引保持建国以来的完整性与延续性。入藏期刊合订本5万余册、民国期间图书以及中医古籍线装书3000多种4万多册,珍本、善本古籍300种3000多册。外文重要生物、医学检索工具配置齐全,具有20年以上综合检索能力。图书馆每年投入购书经费200~250万元。图书馆还配置有6000余种中外文参考工具书和古今大型丛书、类书,如《四库全书》、《丛书集成》、《四部丛刊》、《民国丛书》、《中国地方志集成》、《道藏》、《佛藏辑要》、《大藏经索引》、《古今图书集成》等。经日常考察统计,相关专业一次文献保障率达80%以上。据国家中管局科研项目《中华本草》和《方剂大辞典》主编反映,两书引用书的品种,我馆入藏率达90%以上。图书馆现有纸质中外文图书、期刊65万册,其中古籍图书3000余种4万余册;电子图书79万册;中外期刊、专利、学位论文等35种数据库。古籍资源以明初刻本、明孤本、明稀见刻本、未刊稿本、珍贵抄本、日本、高丽早期刻本等为主。图书馆通过权威数据库引进、网络开放存取资源组织、校内自有资源开发、馆际资源交流与共享、特色馆藏资源整合与开发等多种途径稳步增加馆藏数量,持续提高资源质量,已经初步形成了特色明显、结构合理、体系完备的文献资源体系。