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据2016年1月学校官网资料显示，学校有海南省重点实验室2个，省重点研究基地1个，国家级研究中心1个，校设科研机构8个。 海南省重点实验室：两栖爬行动物研究省级重点实验室、海南省嵌入式系统重点实验。 海南省重点研究基地：海南省民族研究基地国家级研究中心：上海合作组织大学区域学中方研究中心。校设科研机构：中国国际青少年活动中心（海南）三亚基地、全国青少年道德培养实验基地、民政部和海南省社会工作人才培训基地、海南旅游协同创新中心、海南国际海岛休闲度假旅游研究基地、海南省两岸少数民族研究院、海南文学研究基地、海南热带雨林画院。 馆藏资源 海南热带海洋学院（原琼州学院）图书馆馆藏特色是旅游、海洋、生态和民族宗教以及学校特色学科、特色专业。据2016年1月学校图书馆官网显示，海南热带海洋学院图书馆现由三亚校区馆和五指山校区馆两个馆组成，馆舍面积为44792平方米，阅览座位有3900个。图书馆馆藏各类文献总量累积达1803585册（件），其中纸质图书为1334636册，电子图书为468949册（件）。具体类分为：中文图书1244392册、外文图书10383册、中文期刊合订本79861册、电子图书447795册、光盘等音像资料21154件。纸质期刊1913种；电子期刊36000多种；数据库82个（其中自购及共享数据库32个、自建数据库7个、试用数据库43个）。 期刊学报 《琼州学院学报》（原琼州大学学报）于1994年创刊，1998年底获准国内外公开发行，是经国家新闻出版总署、国务院新闻办审核备案的刊物。《琼州学院学报》是中国最南部的一份综合性学术期刊，为双月刊（汉文），本刊为《中国期刊网》、《中国学术期刊》光盘版入编期刊，《万方数据—数字化期刊群》全文入网期刊，自2010年起被《中国核心期刊（遴选）数据库》收录。

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