在孟安明指导的博士生中,毕业的赵珏和张丽霞分别获得2004年、2005年清华大学优秀博士论文一等奖,张丽霞的博士论文入选2007年全国百篇优秀博士论文。除了培养博士生之外,孟安明常年担任生物系本科生专业选修课《发育生物学》的主讲教师、还参与讲授《分子生物学》和《发育生物学进展》等研究生课程。以《发育生物学》来说,这是一门更新发展速度非常快的学科,孟安明给学生选用的英文课本每3-4年就要改版一次,为了讲好课堂上的45分钟,孟安明往往要在课前花几个小时查阅大量的文献和资料。由于对于课程的精心准备,他讲授的《发育生物学》已经成为生物系最受欢迎的专业课程之一。 曾在教学领域获得教育部“全国高等学校优秀骨干教师”荣誉称号,并入选教育部第二届“高校优秀青年教师教学科研奖励计划”。