一、定义不同1、病理解剖学：是涉及生命体的结构和组织的生物学分支学科；可以分为动物解剖学(zootomy)和植物解剖学(phytonomy)。动物解剖学当中的比较解剖学(即动物形态学)指不同动物种类间的结构的研究，专论解剖学则局限于个别一种动物的结构的研究。2、病理生理学：病理生理学（英文名字Pathologic Physiology），是基础医学理论学科之一，它同时还肩负着基础医学课程到临床课程之间的桥梁作用。二、课程设置不同1、病理解剖学：病理解剖学/疾病解剖学（pathological anatomy / morbid anatomy）研究生病的器官，而正常解剖学的分科，适用于各种不同目的时，则冠以专门名称。例如内科解剖学、外科解剖学、妇科解剖学、artistic 与表面解剖学等（medical, surgical, gynaecological, artistic and superficial anatomy）。2、病理生理学：病理生理学以生理学、生物化学与分子生物学、免疫学、病理学、生物物理学等为基础。病理生理学主要任务是研究疾病的病因、发病机制和患病机体的代谢和机能变化，为疾病的防治提供理论和实验依据，是医学教学中的一门重要的基础课程。三、研究内容不同1、病理解剖学：依照各器官系统性地分类，而不是依部位来陈述。每篇解剖学的文章首先包括一个器官或系统（例如神经、动脉、心脏等）的结构的描述，根据在人体找到什么而定；就脊椎动物而论，这随后有一种发展（胚胎学）和比较解剖学（形态学）的叙述。2、病理生理学：病理生理学的内容可以分成三个部分，即疾病概论、基本病理过程以及各系统病理生理学。疾病概论所包含的内容是关于各种疾病的普遍规律性问题，如疾病发生的原因和条件，疾病时稳态(homeostasis）调节的紊乱及其规律，疾病的转归等。参考资料来源：百度百科-病理生理学参考资料来源：百度百科-病理解剖学
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