截止2014年，学校建有国家重点实验室和国家工程中心8个，军队专科研究所、专科（专病）中心27个，军队重点实验室11个。 建成了世界最大的生物激波实验室、亚洲最大的低压氧舱群、中国最大的轨道式生物碰撞实验室、军队第一个国家重点实验室、全军唯一的武器杀伤生物效应评估中心、全军唯一的机动卫勤力量训练基地和全军唯一的卫生列车训练基地。 国家重点实验室（1个）：创伤、烧伤与复合伤研究国家重点实验室 国家工程技术研究中心（1个）：国家免疫生物制品工程技术研究中心 国家级科研平台（1个）：战创伤防治协同创新中心 全军重点实验室（11个）：烧伤基础研究、复合伤研究、战（创）伤研究、分子免疫学（开放）、呼吸病研究、交通医学、高功率微波、高原军事医学、全军武器杀伤生物效应评估中心等 全军医学专科研究所（7个）：烧伤、野战外科、呼吸内科、肝胆外科、传染病、复合伤和免疫学全军医学专科技术中心（10个）：消化内科、泌尿外科、眼科、肿瘤诊治、心血管内科、肾脏病、胸外科、战创伤、健康教育和“三优”全军教育训练基地（2个）：现代战（创）伤救治和军事预防医学 截止2014年，学校先后获得了以6项国家科技进步一等奖为标志的1700多项科技成果和国际最高军事医学奖“狄贝克军医奖”、“国际烧伤伊文斯奖”、“国际交通医学重大成就奖”、 “何梁何利奖”、“中国工程技术奖”、“全军重大专业技术贡献奖”、“求是奖”、“中国十大杰出青年科技创新奖”等一大批国内外科技大奖；在全国百篇优秀博士学位论文、国家自然科学基金、国家三大科技奖励和学术论文等反映综合办学水平的主要指标居全国高校前20位，已发展成为中国的战创伤医学中心，是全军军事医学盾牌的主要力量和国家医学科技创新体系的重要基地。 “十五”期间，全校承担校级以上科研课题数共计1075项，其中国家级课题472项，军队、省市级课题342项，校级课题271项。承担国家、军队、重庆市重大重点课题80项。 “十五”期间，在国家、军队科技奖励项目数量大幅减少情况下，共获省部级二等奖以上重大成果96项，其中国家科技进步奖一等奖1项、二等奖7项，军队科技进步一、二等奖40项，军队医疗成果一、二等奖20项，重庆市科技成果一、二等奖28项。国家科技进步奖和军队科技进步一、二等奖获奖项目数及等级居全军各大单位前列。国家科技进步一等奖（6项）：严重创伤早期全身性损害的细胞及分子机制研究、烧伤早期损害与救治研究、复合伤发病机制与救治原则研究、系列激波管、肝胆管结石及其并发症的外科治疗与实验研究、高原病的发病机制与防治措施研究等 军队科技进步奖一等奖（1项）：高新武器杀伤生物效应及其救治理论研究 学校先后制定了“战伤分类及判断准则”等26项国家军用标准，牵头研制了“两栖装甲救护车”和“专用卫生列车”，研制的“扫雷防护装具”列装部队，并被联合国指定为维和扫雷行动装备，出口到26个国家和地区。 专利情况 年份专利申请数发明专利申请数PCT申请数专利授权数发明专利授权数2001年1816--522002年22117642003年401931862004年321633515+国外授权42005年74455238+国外授权62006年1195765321+国外授权5六年合计3051612416360+国外授权15 馆藏资源 截止2014年，第三军医大学图书馆馆藏图书72万册，中英文电子期刊2万多种。有各类数据库30余个，引进有Web of Science、ProQuest Digital Dissertations、ScienceDirect、Springer、LWW、OUP、Nature、ScienceOnline、Cell Press 、EMBASE、BIOSIS Previews、Medline、CBMdisc、中国知网的期刊及博硕士论文全文数据库、维普中文期刊全文数据库、超星数字图书馆、书生之家数字图书馆、网上报告厅等为代表的国内外重要数据库。 学术期刊 《第三军医大学学报》为国内外公开发行的综合性医药卫生类学术期刊，创刊于1979年，为半月刊。主要刊载国内外医学领域（军事医学、基础医学、临床医学、药学、预防医学、检验医学、生物医学工程等）所取得的新理论、新成果、新经验、新技术、新方法。已被美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、中国科学引文数据库（CSCD）（中国科学院文献情报中心）、中国学术期刊综合评价数据库、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）（中国科学技术信息研究所）、中国核心期刊要目总览（第3版）（北京大学图书馆）等国内外检索系统收录，为中国科技论文统计源期刊和中国自然科学类核心期刊。先后20余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技期刊一、二等奖，2003年、2005年两度被评为“国家期刊奖百种重点科技期刊奖”。2008、2009、2010、2011连续4年入选“百种中国杰出学术期刊”，2008、2010连续2届被教育部科学技术司评为“中国精品科技期刊”和“中国高校精品科技期刊”。
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