近年来学院科研水平不断提高，先后承担了国家科技支撑计划项目、国家科技重大专项子课题项目及国家"863"、“973”计划、国家自然科学基金、国家卫生与计划生育委员会、山东省科技厅、省卫生与计划生育委员会、省教育厅等资助的各类科研和教研课题。近3年，承担在研课题170余项，在研经费达2500万元，在国内、外学术刊物上发表学术论文1000余篇，其中发表SCI、SSCI、EI、CSSCI论文300余篇，编写出版专著及教材100余部。2008年经原山东省卫生厅、教育厅批准，山东省疾病预防控制中心成为山东大学预防医学研究院，为公共卫生学院和山东省疾病预防控制中心在公共卫生人才培养和科研工作中全方位合作搭建了良好平台。
学院在科学研究方面的主要特色和优势，体现在如下几个方面：(1)建立了“现场实验室和室内实验室为一体的新型公共卫生学科发展平台”；(2)与复旦大学联合申报“健康领域社会风险预测治理”2011协同创新平台；(3)拥有山东省科技厅批准的“山东省食品安全监测管理与风险评估工程中心”；(4)建成了特聘教授实验室 “流行病学与微生物检验实验室”；(5)拥有在自杀流行病学和预防控制策略研究方面国内领先和国际先进水平的“山东大学自杀预防研究中心”；(6)拥有在气候变化与健康研究方面处于国际先进水平“气候变化与健康研究中心”；(7)拥有生物统计学科研团队，在 “组学数据统计分析与系统流行病学理论方法研究与应用”、“健康/疾病风险评估与生命历程流行病学理论方法研究与应用”、 “转化医学与真实世界临床研究的设计与统计分析方法”、 “空间流行病学与空间遗传学理论方法研究与应用”方面处于国际先进水平；(8)慢性非传染性疾病流行病学研究处于国际先进水平；(9)职业中毒/环境污染防控研究成果得到国内外同行的认可，特别是中毒性神经病机制的研究处于国际先进水平。
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