1987年至1993年参加王绍曾先生主编的全国高校古籍整理规划项目《清史稿艺文志拾遗》编纂工作，任副主编。1993年至1997年参加季羡林先生主编的国务院古籍整理规划项目《四库全书存目丛书》编纂工作，任常务编委兼总编室主任。1992年至2005年独立从事全国高校古籍整理科研规划重点项目《四库存目标注》，该书2007年由上海古籍出版社出版，共8册约370余万字。所撰《文献学概要》一书，2001年由中华书局出版，2006年该书入选“十一五国家级教材”。2004年开始主持国家清史纂修工程重大项目《清人著述总目》。2005年开始参与主持山东省政府特批重大项目《山东文献集成》编纂工作，任编纂处副主任。2009年开始主持山东省古籍整理研究项目《山东文献总目提要》。2010年开始主持国家清史纂修项目《清史·艺文志》。2012年开始主持山东大学儒学高等研究院重大项目《十三经注疏汇校》。自1987年以来，著作《四库存目标注》、《文献学概要》、《清人著述总目》（主编）、《清史艺文志》（主编）、《微湖山堂丛稿》、《清史稿艺文志拾遗》（副主编）、《四库全书存目丛书》（常务编委）、《山东文献集成》（编纂处副主任）、《渔洋读书记》（王绍曾、杜泽逊编）、《清经解三编》（刘晓东、杜泽逊编）、《中国历代书目提拔丛书（第三辑）》（主编）、《经籍访古志》、《古文旧书考》、《静嘉堂秘籍志》、《史记校勘记》（王绍曾、杜泽逊整理）、《山东著名藏书家》（杜泽逊、程远芬撰）等。发表学术论文180余篇。
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