青海大学农牧学院可以追溯到1958年成立的青海畜牧兽医学院，1959年青海畜牧兽医学院与青海农学院合并为青海农牧学院，1960年青海农牧学院与青海师范学院、青海工学院、青海医学院等组成青海大学，1961年青海大学撤销后又恢复了青海农牧学院，1962年青海农牧学院并入青海民族学院以后又改为畜牧兽医系，农学部分撤销。1963年再次成立了青海大学，青海民族学院中的畜牧兽医系归入青海大学，成为青海大学畜牧兽医学院。1969年，青海大学畜牧兽医学院被撤销。1978年，恢复重建了青海畜牧兽医学院。1997年省委、省政府决定青海畜牧兽医学院与青海大学合并，组建成新的青海大学。兽医、畜牧、草原、农学四个系组成青海大学农牧学院，为青海大学二级学院。
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