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1.学科类别上的，JCR划分了176个具体的学科，中科院只划分了13个大类；2.分区的比例不一样，中科院一区的期刊是在13个类别中，选取其中的5%，这样一区的期刊就很少，导致有些期刊再JCR上能排到Q1，
由于两种分区方法的不同，有的在JCR为Q1范围的文章，按中科院分区来算的话很有可能是二区甚至三区。虽然两种分区方法都比较权威，但是中科院分区被更多的机构采纳以作为科研评价的指标。不过主要还是看高校和单位要求。
国内常用的文献分区系统包括中科院分区和JCR分区。中科院期刊分区，是中国科学院文献情报中心的科学研究成果，每年10月份发布最新年期刊分区数据。为了更好地帮助我国科研人员了解和认识国际期刊，官方开通微信公众号(fenqubiao)
而我们国内常说的一区二区，指的就是中科院的分区。3、ISSN刊物，是指在我国境地外注册，国内、外公开发行的刊物。该类刊物的刊号前标注有ISSN字母。现在许多杂志则同时具有CN和ISSN两种刊号。法律依据：《
虽然是两个概念，但是还是有一定联系的，中科院的分区参考了JCR的分区标准(都是基于索引数据)，不过中科院的分区比JCR的分区更严格一些。以下可能对你有所帮助(摘自小木虫)：汤森路透JCR分区法：JCR将收录期刊分为176
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