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特别以纳西东巴经、傣族贝叶经、彝族毕摩经等为代表的云南少数民族医药特色文献是云南省图书馆中收藏最全、最多的。作为目前云南首个中医药古籍数字图书馆，目前图书馆上线云南中医药大学珍藏数字化古籍288种、2000余册。