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截至2016年3月，学校承担各级各类科研项目1700多项，全校年科技经费5亿多元。获国家自然科学基金项目数连年位居省属高校前列。共有300多项科研成果获省部级以上奖励，取得了一批高水平的科研成果。其中，由中科院与该校共同完成的“转基因山羊体细胞克隆山羊”成果被评为1999年中国基础研究十大新闻之首，由该校参与完成的“水稻第四号染色体精确测序”工作被评为2002年中国十大科技进展头条新闻，8项成果荣获国家科技进步二等奖。科技开发与成果推广成绩同样喜人，学校的“农科教结合”工作已形成了以苏北基地为中心，辐射苏中、苏南的格局，在服务“三农”方面走出了一条成功之路。2002-2013年期间，学校共有4篇论文被评为全国优秀博士学位论文，6篇论文获全国优秀博士学位论文提名论文。 2013年，在ESI评价的22个学科中，学校共被ESI收录论文3672篇，被引23142次，篇均被引频次为3，在全球排名前1%的5039个研究机构中，总被引次数位居第1664位。学校的“江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心”于2013年被评定为首批江苏省高校协同创新中心。 学术期刊 扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报·人文社会科学版》（双月刊）、《扬州大学学报·高教研究版》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报·自然科学版》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报·农业与生命科学版》（季刊）。《扬州大学学报（人文社会科学版）》该刊为综合性人文社会科学学术刊物。该刊有“中国特色社会主义理论研究”、“苏中地区经济社会发展研究”、“中国儒商研究”、“扬州文化研究”、“女性文学多棱镜”、“审美新视角”等特色栏目。该刊为全国中文核心期刊、中国核心学术期刊、中国人文社会科学核心期刊、中国人文社科学报核心期刊、中国期刊方阵、双效期刊、全国百强社科学报、华东地区优秀期刊。 《扬州大学学报（高教研究版）》该刊为综合性高等教育研究刊物，坚持理论联系实际研究和探索高等教育改革与发展的各类问题，既发表高等教育改革与发展的理论性研究论文，也刊登具有普遍指导意义的高校教育教学改革的实践经验，内容覆盖了高等教育的方方面面。该刊被《高校文科学术文摘》、中国人大复印资料中心、《教育文摘周报》、《新华文摘》等都不同程度地转载、摘引该刊所发论文。该刊为中国核心学术期刊、江苏省期刊方阵优秀期刊、第二届全国优秀社科学报。 《扬州大学学报（自然科学版）》该刊是自然科学综合性学术刊物。主要刊登数理科学和化学、工业技术、环境科学等门类的学术论文。该刊为全国中文核心期刊、中国期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊。该刊被美国《数学评论》（MR）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、德国 《数学文摘》（ZBL）、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国无机分析化学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》等国内外著名检索期刊收录。并被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《全国报刊索引（自然科学技术版）》、《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《华艺数位艺术股份有限公司》、《中国科技期刊全文数据库（重庆维普）》全文收录。 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》（原《江苏农学院学报》、《江苏农业研究》）该刊是综合性农业与生命科学学术期刊。主要刊登农业科学、动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学、基础医学等学科的学术论文。 该刊被国家科技部中国科技信息研究所、中国科学院、北京大学图书馆分别入选为“中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊” 、“中国科学核心期刊”、“全国中文核心期刊”。被联合国粮农组织AGRIS、英国CABI、动物学记录（ZR）、美国DIALOG、化学文摘（CA）、波兰哥白尼索引（IC）、国内所有以”中国”名头出版的农业文摘类期刊和部分医学文摘期刊及《中国生物学文摘》等作为一次文献源期刊收录。2002年以来多次获教育部”全国高校优秀科技期刊一等奖”及全国农业优秀期刊（学术类一等奖），蝉联”江苏省双十佳期刊”。 图书馆藏 截至2014年9月，全校拥有文献402万余册；年订购中文报刊3376种，原版外文期刊548种。馆内藏有《四库全书》、《续修四库全书》、《四库全书目录丛刊》、《近代中国史料丛刊》等大型文献，馆藏中苏北方志较为齐全，文史、农业、烹饪类文献具有特色，敦煌学资料丰富。馆内拥有丰富的电子文献资源，藏有各种电子出版物，包括中国期刊网镜像站、超星数字图书馆、北大方正Apabi数字图书系统、EI、PQDD、IEEE/IEE等国内外大型数据库40种，折合电子文献7万册。

一已经出版的专著、合著和参与主编的著作：◎《中国宝卷研究》，桂林，广西师范大学出版社，2009。◎《民间信仰与民间文学——车锡伦自选集》，台北，博扬文化事业公司，2009。◎《靖江宝卷研究》（与陆永峰合著），北京，社会科学文献出版社，2008。◎《明清民间宗教经卷文献·续编》（与王见川等合编），影印，大16开，特精装，12册，台北，新文丰出版社，2006。◎《信仰、教化、娱乐——中国宝卷研究及其它》，台北，学生书局，2002。◎《中国宝卷总目》（修订本），北京燕山出版社，2000。◎《宝卷·弹词》，执笔“宝卷”部分，沈阳，春风文艺出版社，1999。◎《中国宝卷总目》，台北，中央研究院中国文哲研究所筹备处，1998。◎《中国宝卷研究论集》，台北，学海出版社，1997。◎《俗文学丛考》，台北，学海出版社，1995。◎ 《中国民间文学大辞典》，第一副主编兼歌谣分类主编，上海文艺出版社，1992。◎《中国精怪故事》（与孙叔瀛合编），上海文艺出版社，1992。◎《前后孝行录》（影印汇编，署名唐碧），上海文艺出版社，1991。◎《彩图儿歌词典》（与蒋静芬合作著文），上海辞书出版社，1990。◎《民俗论丛》第一集（与王栋合作主编），南京大学出版社，1989。◎《曲苑》（第二集），主编（未署名），南京，江苏古籍出版社，1986。◎《曲苑》（第一集），主编（未署名），南京，江苏古籍出版社，1984。◎《聊斋志异戏曲集》（上、下册，与关德栋联名），上海古籍出版社，1984。◎《中国古代文学作品选》（一至六册），项目发起人、编委（本书无主编，不署名），西安，陕西人民出版社，1980-1983陆续出版。◎《古代笑话选》（与陈企孟合编），呼和浩特，内蒙古人民出版社，1979。◎《韵辙新编》，呼和浩特，内蒙古人民出版社，1978。◎《诗韵常识》，呼和浩特，内蒙古人民出版社，1975。◎《古代儿歌资料》（与赵师景深联名），上海，上海少年儿童出版社，1963。二、参著重要著作的章节：◎“古代曲艺向近现代曲艺的转化——明代”，《中国曲艺通史》（姜昆、倪锺之主编）第六章（约7·5万字），人民文学出版社，2005。◎“清代说唱文学概述”、“清代说唱文学文献”，《中国古代文学通论·清代卷》（傅璇宗、蒋寅总主编）上编第六章、下编第四章，辽宁人民出版社，2005。◎“宝卷”，《中国俗文学概论》（吴同瑞等主编）第七章，北京大学出版社，1997。◎“宣卷与民间信仰”（与方梅合作），《吴越民间信仰民俗》（姜彬主编）第五章，上海文艺出版社，1992。三、重要论文按，“文革”以后，发表论文、调查报告和读书笔等约160余篇，今尚有参考价值者约占1/2，现列出部分文章目录。只注最初发表处，不列转载书、刊。宝卷方面的研究成果，除最近发表者，大都吸收到《中国宝卷研究》一书中；俗文学研究论文大部分在修订、重写中，将编为论文集《中国俗文学研究》。◎《形成期之宝卷与佛教之忏法、俗讲和“变文”》，载《民族文学研究》，北京，2011年第1期。◎《“非遗”民间宝卷的范围和宝卷的“秘本”、发掘出版等问题》，载《河南教育学报》，郑州，2011年第1期。◎ 《读清末蒋玉真编“醒心宝卷”— 兼谈“宣讲”（圣谕、善书）与“宣卷”（宝卷）》，载《文学遗产》，2010年第2期。◎《新发现的清初南无教“泰山苦海圣母宝卷”》，载《河南教育学院学报》，郑州，2009年第1期。◎《中国宝卷新论》，载《东亚人文》第一辑，北京，学林出版社出版，2008。◎《对江苏靖江做会讲经和宝卷的调查与研究》，载《河南教育学院学报》，郑州，2008年第4期。◎《倒喇考论》（与刘水云合作），载《中华文史论丛》，上海，2007年第2辑（总86辑）。◎《小唱考》，载《中华戏曲》，第35辑，北京，文化艺术出版社，2007。◎《江苏苏州宣卷和同里宣卷（调查研究报告）》，载《民间文化论坛》，北京，2007年第2期。◎《江苏山东傩文化区与蒲松龄记述的“巫戏”》，载《河南教育学院学报》，郑州，2007年第1期。◎《道情考》，载《戏曲研究》，北京， 第70期，中国戏剧出版社，2006。◎《排除成见偏见，建立学科体系》，刘锡诚主持“民间文学学术史百年回顾”笔谈之一，载《民间文化论坛》，北京，2005年第5期。◎《明代的佛教宝卷》，载《民俗研究》，济南，2005年第1期。◎《清宣鼎的“三十六声粉铎图咏”》（与蒋静芬合作），载《戏曲研究》，北京，第66期，中国戏剧出版社，2004。◎《明代的陶真、盲词、门词与明代弹词》，载《2003年说唱艺术学术研讨会论文集》，台湾艺术大学中国音乐学系，2003·12，台北。◎《寒夜捣衣》，载《寻根》，郑州，2003年第2期（总52）。◎《聊斋俚曲“姑妇曲”“慈悲曲”中的“十样锦”》，《蒲松龄研究》，山东淄博，2002年第3期。◎《聊斋俚曲曲调的来源》，载《蒲松龄研究》，山东淄博，2002年第2期。◎《明清教派宝卷中的小曲》，载《汉学研究》，台北，第20卷1期（2002年6月）◎《“林兰”与赵景深》，载《新文学史料》，北京，2002年第1期（总94）。◎《宝卷的形成及其演唱形态》，载《燕京学报》，北京，新十一期，北京大学出版社，2001。◎《宋代瓦子中的“说经”与宝卷》，载《书目季刊》，台北，第34卷2期，2000·9。◎《海外收藏的中国宝卷》，载《中华文史论丛》，第63辑，上海古籍出版社，2000·9。◎《“泰山道里记”的作者聂鈫—“泰山道里记”研究之二》，《岱宗学刊》，山东泰安，2000年第1期。◎《江苏靖江农村做会讲经的“醮殿”仪式（调查报告）》（与侯艳珠合作），载《民俗研究》，山东济南，1999年第2期。◎《泰山“九莲菩萨”“智上菩萨”考》，载《代宗学刊》，山东泰安，1999年第2期。◎《明清民间宗教与甘肃的念卷和宝卷》，载《敦煌研究》，兰州，1999年第4期（总62）。◎《说“跳槽”》，载《明道文艺》，台中，1998年第4期（总265）。◎《江苏靖江农村做会讲经的“破血湖”仪式（调查报告）》（与侯艳珠合作），载《民间宗教》，台北，第四集，1998·12。◎《江浙吴方言区的宣卷和宝卷》，载《民俗曲艺》，台北，第106期，1997·3。◎《浙江嘉善下甸乡王家埭村的“赞神歌”（调查报告）》，载《民间宗教》，台北，第三集，1997·12。◎《清同治江苏查禁“小本唱片目”考述》（摘录部分），载《文献》，北京，1996年第2期。◎《唐代民间流行歌曲[啰唝曲]及有关的几个问题》，载《扬州师院学报》，1996年第1期。◎《中国宝卷的发展、分类及其社会文化功能》，载《中国文学的多层面探讨国际会议论文集》，台湾大学中文系，1996，台北。◎《曹寅（楝亭）藏“书史纪原”上的“雪芹校字”》，载《国文天地》，台北，第10卷第3期（总111），1995·8。◎《中国精怪故事和神、仙、鬼、怪故事系列》（与孙叔瀛合作），载《中国民间文化》，上海，1994年第3期（总15）。◎《驱蝗神刘猛将的来历和演变》（与周正良合作），载《中国民间文化》，上海，1992年第1期（总5）。◎《流传八百年的吴歌“月子弯弯照几（九）州”》，载《中国民间文学学术讨论会论文集》，台湾中国民间文学学会、高雄师范大学，1991。◎《泰山女神的神话、信仰和宗教》，载《泰山研究论丛》第三辑，青岛，海洋大学出版社，1991。◎《“金瓶梅词话”中的明代宣卷—兼谈“金瓶梅”的作者》，载《明清小说研究》，江苏南京，1990年第3-4期。◎《江苏南通的“童子戏”和“太平会”（调查报告）》（与金鑫等合作），载《东南文化》，南京，1990年第1期。◎《浅谈回族的食俗》，载《中国烹饪研究》，扬州，1990年第1期。◎《江苏靖江的“做会讲经”（调查报告）》，载《民间文艺季刊》，上海，1988年第3期。◎《“金山宝卷”和白蛇传研究中的几个问题》，载《民间文艺集刊》，上海，1986年第1期。◎《浙江嘉善地区的宣卷和赞神歌（调查报告）》（署名唐碧，与金天麟合作），载《曲苑》，第二集，南京，江苏古籍出版社，1986。◎《小说“胭脂”和“胭脂舄”传奇》，载《中国古典小说戏曲论文集》（赵景深主编），上海：上海古籍出版社，1985。◎《八仙故事的传播和“上中下”八仙》，载《民间文学论坛》，北京，1985年第4期。◎《蚁穿九曲明珠--一个古老的民间传说故事》，载《民间文艺集刊》，第六集，上海文艺出版社，1984。◎《东台地区董永传说考》，载《扬州师院学报》，1984年第3期。◎《姚鼐“登泰山记”所述泰山南麓三谷订正》，载《山东师范大学学报》，济南，1983年第3期。◎《舅姑·丈人·泰山·岳父--对妻子的父母的称呼》，载《文史知识》，1983年第12期。◎《浅谈女真族剧作家李直夫的“虎头牌”杂剧》（与袁爱国合作），载《内蒙古师范大学学报》，呼和浩特，1983年第4期。◎《被作为神学附庸的中国古代儿歌》，载《扬州师院学报》，1983年第3期。◎《明清儿歌的搜集和研究概述》，载《民间文艺集刊》第二集，上海文艺出版社，1982。◎《再谈新诗韵的韵辙划分和编撰问题》，《山东大学文科论文集刊》，济南，1979年第2集。◎《南戏“拜月亭”的作者和版本》（摘录部分），载《内蒙古大学学报》，呼和浩特，1978年第2期。◎《新诗韵的韵辙划分问题》，载 《内蒙古大学学报》，呼和浩特，1977年第5期。