根据2014年12月学校官网显示，该院有国家中医药管理局三级实验室1个、国家药物临床试验机构1个、省级人文社科重点研究平台1个、省级工程技术研究中心1个、省级重点实验室1个、校级研究机构6个。 国家中医药管理局三级实验室：中药定量药理学实验室；国家药物临床试验机构：皖南医学院弋矶山医院；省级人文社科重点研究平台：大学生心理健康教育研究中心；省级工程技术研究中心：安徽省多糖药物工程技术研究中心；省级重点实验室：活性生物大分子研究安徽省重点实验室；校级研究机构：定量药理研究所、蛇毒蛇伤研究所、医学遗传研究室、发育生物学研究室、医学蜱螨研究所、优生优育研究室。 馆藏资源根据2014年12月学校官网显示，图书馆馆藏文献达54万册，其中，纸质文献67万册，电子图书87万册，中文报纸70种。同时，拥有多个文摘型或全文型数据库，并建立了镜像站点，初步形成了以医药卫生为主，纸质文献与电子文献互补的馆藏文献体系。学术期刊《皖南医学院学报》由皖南医学院主办，于1974年创刊，是一份综合性的医学类学术期刊，为中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊，旨在传播医学信息，促进院内外学术交流和推动教学、科研、医疗工作。设有专家笔谈、基础医学、临床医学、法医医学、中医中西医结合、技术交流、文献综述、专题讲座、调查研究、临床护理、短篇报道等栏目，既可为高等医学院校师生的科研、医疗工作提供参考，又可指导基层广大医务人员的临床实践。
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