2001年获江苏省第一届优秀博士论文奖。已在 “SCI”学术榜刊物上发表中论文25篇,被引用86篇次。在国内自然科学核心刊物上发表论文30多篇。致力于中药学研究孔令东教授对传统中医药怀有浓浓感情,20余年来一直致力于中药学研究,以传统中医药理论和中药经典方药为源头,不断探索中药现代科学研究方法,集合多种现代药物研究手段建立了较先进的科学研究技术平台,展开对传统中医药机理研究,在此基础上较系统进行中药筛选发掘,逐步形成科学、合理、有效的中药研究模式。众所周知,传统中医药历史源长、博大精深,但囿于科学研究方法、技术等限制,总体看,至今中药研究的科学化、知识化程度还相对不高,在世界范围内尤其在美英等科学技术发达国家中中药的科学性还没有完全得到认可。孔令东教授认为,目前只有加快对中医药理论和方药功效做出科学阐述,才能确立其在国际上的声望,只有依靠科学研究成果,中药现代化和产业化才能在国际得到实现。集中研究中药抗抑郁孔令东教授近年来主要集中研究中药抗抑郁和中药抗痛风。抑郁症日益常见多发,世界卫生组织预测至2020年它将成为导致所有年龄段人丧失生活能力的第二大原因,西药治疗局限性大,而传统中医药学在此方面有其独特的理论和经典方药,因此开展中医药防治抑郁症的研究极有意义。其课题组以抗抑郁为切入点, 对治疗情志病经典方半夏厚朴汤进行较长期深入研究,提出抑郁症是半夏厚朴汤证主要表现形式的新观点。在整体、组织、细胞和分子水平上证实半夏厚朴汤抗抑郁成分多样性特点和多层次、多途径作用机制,为寻找改善机体系统功能的抗抑郁药物提供佐证。研究揭示皮层、海马和纹状体可能是介导半夏厚朴汤改善抑郁行为的中枢神经系统的重要结构基础,即早基因是其作用信号传导过程中的靶点,在一定程度上开辟半夏厚朴汤药理作用新视野。另外,还不断深入研究该方配伍与抗抑郁的相关性等方剂学关键科学问题,设计出“ 新型半夏厚朴汤” 组方。该项研究探索了复方研究新思路和新方法,对中药现代化具有一定的推动和启示意义。在药物筛选方面,以“补肾定心”理论为线索,在较大规模筛选基础上,证实温补肾阳药及其中药成分调节HPA轴抗抑郁作用机制,为探寻减少CRF通路上神经传递的抑郁新药开辟更广泛途径。中药抗痛风的研究在抗痛风中药研究方面,针对痛风复杂的病因病机,其课题组率先在国内建立了国际通行氧嗪酸所致高尿酸血症之痛风动物模型,及其它抗痛风研究技术平台,研究清热燥湿代表方药黄柏和二妙丸抗痛风作用,为临床用药和清热燥湿治则提供科学依据。并发现其它中药抗痛风组分和成分。