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建院20多年来，台湾研究院以“历史地、全面地、实事求是地认识台湾，促进海峡两岸学术交流，为祖国统一大业服务”为宗旨，致力于台湾政治、社会、经济、历史、文学、法律、文化教育以及两岸关系等方面的研究。截至2003年底，全院共出版有关台湾研究的专著、论文集、资料集等122部，发表学术论文1800多篇。1988年以来，在国家以及教育部、省、市社会科学成果的各项评比中，本院撰写的著作、论文共获得优秀科研成果奖103项。本院主办的《台湾研究集刊》（1983年创刊），是全国最早创办的专门研究台湾问题的学术季刊，被海内外学术界誉为在台湾研究领域具有重大影响的权威刊物，已先后列入“中文社会科学引文索引来源期刊”、“中国人文社会核心期刊”、“中国学术期刊综合评价数据库来源期刊”，并于2001年入选“中国期刊方阵”，目前《台湾研究集刊》在影响因子方面，排在港澳台问题类刊物的第一位。台湾研究院在进行系统的基础研究和理论研究的同时，注重开展现实问题的研究，不仅承担和完成国家和省部级的大量科研课题，还完成了各级对台工作部门委托的大量调研课题。