图书馆截至2012年11月，菏泽学院图书馆有图书资料281万册，其中，纸质图书165万余册，电子图书116万余种，图书内容涵盖了文、史、艺、经、法、管、教育、理、工、农十大学科门类，包括《四库全书》、《续修四库全书》、《古今图书集成》、《四部丛刊》、《万有文库》、英文版《化学文摘》、《申报》等重要典籍。每年订购各类中外文报刊1万余种，其中纸质报刊近2000余种，电子期刊9000余种。馆内还拥有包括超星数字图书馆、超星读秀、同方知网中文期刊全文数据库、万方科技子系统、万方中国学位论文、万方论文相似性检索子系统、人大复印报刊资料全文数据库、维普考试资源系统、Springer Link外文数据库、EBSCO外文数据库；自建菏泽地方文献电子资源数据库、菏泽学院优秀学位论文数据库、馆藏书目数据库以及随书光盘数据库4个电子资源数据库。 学术期刊菏泽学院主办的《菏泽学院学报》是《中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国科技期刊数据库》收录期刊，《万方数据-数字化期刊群》入网期刊，《中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）》统计刊源。《菏泽学院学报》是全国高校优秀社科期刊、全国优秀社科学报、全国高校优秀自然科学学报、教育部优秀科技期刊。
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