截至2016年3月，该校本科专业涉及工学、理学、文学、经济学、管理学、历史学、法学、教育学、艺术学等九个学科门类。拥有3个省级重点建设一级学科、1个省优秀学科梯队 。江苏省重点建设一级学科：生物工程、材料学、材料科学与工程江苏省优秀学科梯队：中国现当代文学学科一级学科校重点建设学科：计算机科学与技术、材料科学与工程、机械工程、生物学、数学、中国语言文学、生物工程、材料科学与工程、数学二级学科校重点建设学科：海洋信息与控制工程、企业管理、食品科学、应用化学、行政管理、检测技术与自动化装置、物理电子学、凝聚态物理、凝聚态物理、音乐学、英语语言文学、教育学、马克思主义基本原理 2004年5月至2016年3月，该校共承担国家级教学改革项目4项，省部级教学改革项目30多项，国家级大学生实践创新训练计划42项。学校拥有2个国家级高等学校特色专业建设点、4个教育部卓越计划试点专业、2个教育部本科综合改革试点专业，建成1个国家级工程实践教育中心、1个国家大学生校外工程实践教育基地、11个省级实验教学与实践教育中心。学校获批为“江苏省大学生创业示范基地”。学校建立了中国首所电梯工程学院、江苏首所国际服务工程学院、苏州首所光伏科技学院和汽车工程学院等多所行业学院 。国家级高等学校特色专业建设点：自动化、数学与应用数学国家级工程实践教育中心：通润机电——常熟理工国家级工程实践教育中心教育部卓越计划试点专业：材料科学与工程、机械工程、自动化、计算机科学与技术教育部本科综合改革试点专业：新能源科学与工程、自动化江苏省品牌和特色专业：汉语言文学、数学与应用数学、应用化工（专科）、机械设备及自动化、营养与烹饪、材料科学与工程、机械工程、生物科学省级卓越工程师教育计划试点专业：电子信息工程、光电信息工程（光伏技术与产业方向）、自动化（智能低压电器技术）、机械工程及自动化、计算机科学与技术省重点专业：数学类 、能源动力类 、生物工程类 、自动化类、计算机类、机械工程省级工程实践教育中心：汽车工程实践教育中心省级高等教育人才培养模式创新实验基地：国际合作、校企合作软件人才培养模式创新实验基地江苏省实验教学示范中心（含建设点）：经管实验教学中心、机械工程综合训练中心、化学基础实验中心、物理学基础实验中心、基础生物学实验教学中心、电工电子实验教学中心、计算机实验教学中心 2006年至2014年5月，该校教师共发表论文5700多篇，被SCI、EI、CPCI收录论文近1200篇，核心刊物发表论文2000多篇，出版专著73部。教师主持的国家自然科学基金、国家哲学社会科学基金、国家“863”专题计划、国家公益专项、省自然科学基金、省农业高新技术、省重大成果转化专项等各级各类项目有800多项，其中承担国家级项目105项。同时还承担了220多项横向课题，并获得国家专利授权196项，发明专利85项 。2012年，该校共获省哲学社科优秀成果奖5项、省社科应用研究精品工程优秀成果奖2项 。 截至2016年3月，该校建有建有省级重点建设实验室2个、省级工程中心1个，共建国家级大学科技园1个 。建有苏南文学与文化研究中心、儿童发展研究中心、吴地音乐文化研究所、智能仪器研究所、计算物理与材料计算研究所、压力容器及钢结构有限元仿真中心、电梯安全与可靠性研究所、汽车工程研究中心、先进材料制造研究所、苏南经济与社会发展研究基地、苏州农业现代化研究中心等研究所（中心、基地） 。省级工程中心：江苏省纺织机械工程研究中心省级重点建设实验室：江苏省新型功能材料重点建设实验室苏州市工程中心：苏州市长江特色水产培育繁殖养殖工程技术研究中心苏州市重点实验室：苏州市食品品质与安全重点实验室、苏州市应用藻类实验室校级工程中心：发酵工程技术研究中心、苏南区域文化建设研究中心校级重点实验室：海藻遗传与种质创新实验、下一代互联网技术重点实验室校级协同创新中心：车用绿色材料及其应用协同创新中心 馆藏资源 截至2014年底，常熟理工学院图书馆馆藏纸质文献约146万余册，纸质期刊1044种，数据库27个，数字信息资源量30TB 。 学术刊物 学校办有《东吴学术》、《常熟理工学院学报》2种学术期刊 。其中《常熟理工学院学报》的前身是创办于1988年的《苏州师专学报》（1990年更名为《吴中学刊》）和创办于1992年的《常熟高专学报》（自然科学版）；1999年在《吴中学刊》（社科版）和《常熟高专学报》（自然科学版）的基础上创办公开出版的《常熟高专学报》（文理综合版），双月刊；2005年，《常熟高专学报》更名为《常熟理工学院学报》（文理综合版），双月刊。2007年，《常熟理工学院学报》（综合版）由双月刊改为月刊出版。2013年，该刊由月刊改为双月刊。1、3、5期为哲学社会科学，2、4为自然科学，第6期为教育科学，逢单月20日出刊 。
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