2000年、2004年、2008年、2011年，《河南农业科学》连续三次被北京大学图书馆评定为全国中文核心期刊。2006、2008年，被中国科技信息研究所评定为中国科技核心期刊，同年，被中国农科院农业信息研究所评定为中国农业核心期刊。《河南农业科学》先后被多家数据库收录，分别为：CABI文摘数据库（国际农业与生物科学研究中心Centre for Agriculture and Bioscience International）、中国期刊全文数据库（CJFD）、中国学术期刊综合评价数据库（CAJCED）、中文科技期刊数据库、《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库、中国核心期刊（遴选）数据库、万方数据—数字化期刊群。
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