一、定义不同1、病理解剖学:是涉及生命体的结构和组织的生物学分支学科;可以分为动物解剖学(zootomy)和植物解剖学(phytonomy)。动物解剖学当中的比较解剖学(即动物形态学)指不同动物种类间的结构的研究,专论解剖学则局限于个别一种动物的结构的研究。2、病理生理学:病理生理学(英文名字Pathologic Physiology),是基础医学理论学科之一,它同时还肩负着基础医学课程到临床课程之间的桥梁作用。二、课程设置不同1、病理解剖学:病理解剖学/疾病解剖学(pathological anatomy / morbid anatomy)研究生病的器官,而正常解剖学的分科,适用于各种不同目的时,则冠以专门名称。例如内科解剖学、外科解剖学、妇科解剖学、artistic 与表面解剖学等(medical, surgical, gynaecological, artistic and superficial anatomy)。2、病理生理学:病理生理学以生理学、生物化学与分子生物学、免疫学、病理学、生物物理学等为基础。病理生理学主要任务是研究疾病的病因、发病机制和患病机体的代谢和机能变化,为疾病的防治提供理论和实验依据,是医学教学中的一门重要的基础课程。三、研究内容不同1、病理解剖学:依照各器官系统性地分类,而不是依部位来陈述。每篇解剖学的文章首先包括一个器官或系统(例如神经、动脉、心脏等)的结构的描述,根据在人体找到什么而定;就脊椎动物而论,这随后有一种发展(胚胎学)和比较解剖学(形态学)的叙述。2、病理生理学:病理生理学的内容可以分成三个部分,即疾病概论、基本病理过程以及各系统病理生理学。疾病概论所包含的内容是关于各种疾病的普遍规律性问题,如疾病发生的原因和条件,疾病时稳态(homeostasis)调节的紊乱及其规律,疾病的转归等。参考资料来源:百度百科-病理生理学参考资料来源:百度百科-病理解剖学