1999年获新闻出版总署“首届国家期刊奖”称号;2001年获新闻出版总署期刊方阵“双高期刊”(高学术水平、高影响力)称号;2003年获新闻出版总署“第二届国家期刊奖提名奖”称号;2005年获新闻出版总署“第三届国家期刊奖提名奖”称号;2010年获新闻出版总署“第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖”称号;2009年获中国期刊协会等“新中国60年有影响力的期刊”称号;2002—2012年共10次荣获中国科学技术信息研究所“百种中国杰出学术期刊”称号;2008年获中国科学技术信息研究所第一届“中国精品科技期刊”称号2011年获中国科学技术信息研究所第二届“中国精品科技期刊”称号;2012年获清华大学图书馆/中国学术期刊(光盘版)电子杂志社等“2012中国最具国际影响力的学术期刊”称号;2002年中国科学院自然科学期刊显示度排名列农林科技类期刊第一名;2002年获中国农学会“第三届全国农业优秀期刊奖一等奖”;2004年获中国农学会“第四届全国优秀农业期刊学术类特等奖”;2006年获中国农学会“第五届全国农业期刊金犁奖学术类特等奖”;2008—2012年获武汉大学中国科学评价研究中心第一、二、三届“RCCSE中国权威学术期刊”称号。