截至2014年6月，该校建有2个省级重点实验室 ，刘少奇研究所、牡丹江红色文化研究所、资本论方法研究所、新型功能材料研究所、澳大利亚研究中心等研究机构 。省级重点实验室：凝聚态物理重点实验室、新型碳基功能超硬材料重点实验室 馆藏资源 据2014年7月学校图书馆官网显示，牡丹江师范学院图书馆藏书总量50万册，有纸质中、外文期刊3000多种。另外还拥有中国知网、中国科技期刊数据库、外文期刊数据库等中外文数据库13个，有电子图书63万册。 学术刊物 《牡丹江师范学院学报》（哲学社会科学版）是由黑龙江省教育厅主管、牡丹江师范学院主办、国内外公开发行的综合性学术期刊（双月刊）。国际标准刊号：ISSN 1003—6121，国内统一刊号：CN 23—1082/C。设有政治理论、哲学、经济学、历史、语言文学、教育、东北地方史研究、中共党史研究、中国古代文学研究、教育理论研究等主要栏目，并适时增加新的栏目。《牡丹江师范学院学报》（自然科学版）是由黑龙江省教育厅主管、牡丹江师范学院主办、国内外公开发行的综合性学术期刊（季刊）。国际标准刊号：ISSN 1003—6180，国内统一刊号：CN 23—1289/N。主要栏目有：数学、 物理、 化学、 生命科学、黑龙江省农林研究、 地理科学、 计算机理论及应用、体育理论研究、教育理论研究等栏目。学报于2006年先后加入“中国学术期刊（光盘版）”、“中国期刊网”全文数据库、“万方—数字化刊群”和“中文科技期刊数据库”，在学术界的影响不断扩大，并获首届全国优秀社科学报整体设计奖 。
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