学院在昆虫分类与标本馆建设、小麦条锈病、蚜虫传毒专化性和植物源农药研究与开发等方面的科研工作居国内领先水平。学院始终坚持以农作物病虫害成灾机理与综合治理为主攻方向,先后对影响我国农业生产可持续发展的重大病虫害的发生规律和控制技术开展了系统深入的研究,并取得了重大研究成果,其中小麦吸浆虫的发生规律、小麦条锈病大区流行规律、品种抗病性和病菌毒性变异、杀虫活性物质苦皮藤素的发现与应用研究、小麦赤霉病致病机理与防控关键技术等研究成果曾获国家科学大会奖、国家自然科学二等奖、国家科技进步一、二等奖等多项奖励。
五年来,科研项目的级别和经费力度不断提高,科学研究在国内外的影响力、竞争力不断增加,研究经费稳步增长。学院共承担国家“973”、“863”项目、国家自然科学基金、国家重点研发计划课题、公益性行业专项及省、部级等各类科研项目近600项,科研到位经费2亿元。发表学术论文1203篇,其中SCI收录814篇,国家一级学报389篇,在Genome Research、Nature Communications、PNAS、Nature Microbiology、Annual Review of Phytopathology、Annual Review of Entomology、New Phytologist等高水平期刊发表研究论文 65篇。