1959年,成立中国科学院内蒙古分院,下设哲学社会科学部,辖历史研究所、语言文学研究所、哲学研究所(原在内蒙古党校、双重领导)和经济研究所(原在内蒙古经委、双重领导)。1962年冬,撤销分院建制。1964年秋,成立内蒙古哲学社会科学研究所,分历史、语言、文学、哲学、经济、民族、宗教6部分,与内蒙古语文工作委员会合署办公。70年代初,对该所进行了精简合并。1973年4月,内蒙古党委批复内蒙古历史语言文学研究所体制,属内蒙古自治区革命委员会建制,由政治部分管,与自治区所属各局平行,下设历史、语言、文学、图书编译室等。1978年11月,自治区党委决定成立自治区社会科学院,内蒙古历史、语言、文学研究所(老三所)归属自治区社会科学院。1979年2月,自治区党委任命自治区社会科学院领导班子,1979年11月,内蒙古社会科学院正式成立。1983年5月,内蒙古自治区党委决定自治区哲学社会科学联合会与自治区社会科学院合署办公,一套机构,两块牌子;1989年,内蒙古自治区哲学社会科学联合会从社会科学院分出另设。