生物医学工程学是一门涉及物理、化学、数学、信息学、计算机、工程学、细胞生物学、分子生物学、基础医学及临床医学等领域的新兴交叉学科。因此在这一领域的学科之间创造一个共享平台，让科学家与临床医生产业界相互交流、共同合作、共享彼此的研究成果是十分必要的。而在1995年，全国还没有一本反映医学生物工程学新成就与临床应用相结合的学术杂志。因此，根据当时医学生物工程学领域和临床医学的发展趋势，结合广州医学院办学与科研实力增强的情况。在时任院长钟南山院士的倡议与领导下，广州医学院创办了这本杂志。创刊以来，在主编钟南山院士的领导下，在历届编委会和编辑部人员的共同努力下，杂志就像一颗幼苗，植根于不断飞速发展的医学生物工程学和临床医学的学术土壤，不断成长壮大。在该领域的各学科的基础研究人员、工程技术人员与临床医生之间架起一道桥梁，使生物医学工程领域的研究成果能充分体现其应用价值。而临床医生在交流学习中，也掌握了许多跨学科专业的新知识、新技术，并将其运用至临床实践中，从而推动了生物医学工程学和临床医学的发展。受到了相关领域特别是临床医生读者和作者的欢迎。为了使杂志有一个更大的发展空间，2007年，本杂志得到中华医学会、新闻出版总署批准加入中华医学会杂志系列。主办单位将由广州医学院变更为中华医学会，广州医学院将作为承办单位继续负责杂志的编辑出版工作。杂志更名为《中华生物医学工程杂志》。本刊希望依托中华医学会深厚的学术资源和承办单位广州医学院学科发展及办刊条件的支持，在中华医学会会长、主编钟南山院士的领导下，将努力地把本刊办成国内学科领域一流的学术刊物。未来随着中国科研实力的发展，使之成为具有一定国际影响力的学术杂志。
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