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截至2016年3月，学校承担各级各类科研项目1700多项，全校年科技经费5亿多元。获国家自然科学基金项目数连年位居省属高校前列。共有300多项科研成果获省部级以上奖励，取得了一批高水平的科研成果。其中，由中科院与该校共同完成的“转基因山羊体细胞克隆山羊”成果被评为1999年中国基础研究十大新闻之首，由该校参与完成的“水稻第四号染色体精确测序”工作被评为2002年中国十大科技进展头条新闻，8项成果荣获国家科技进步二等奖。科技开发与成果推广成绩同样喜人，学校的“农科教结合”工作已形成了以苏北基地为中心，辐射苏中、苏南的格局，在服务“三农”方面走出了一条成功之路。2002-2013年期间，学校共有4篇论文被评为全国优秀博士学位论文，6篇论文获全国优秀博士学位论文提名论文。 2013年，在ESI评价的22个学科中，学校共被ESI收录论文3672篇，被引23142次，篇均被引频次为3，在全球排名前1%的5039个研究机构中，总被引次数位居第1664位。学校的“江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心”于2013年被评定为首批江苏省高校协同创新中心。 学术期刊 扬州大学学报编辑部是在原江苏农学院、扬州师范学院、扬州工学院、江苏商业专科学校等高校学报编辑部的基础上，于1997年扬州大学合并办学5周年之际成立。1997年创刊《扬州大学学报·人文社会科学版》（双月刊）、《扬州大学学报·高教研究版》（季刊），2004年改为双月刊；1998年创刊《扬州大学学报·自然科学版》（季刊）；1999年将《江苏农学院学报》更名为《江苏农业研究》；2002年将《江苏农业研究》更名为《扬州大学学报·农业与生命科学版》（季刊）。《扬州大学学报（人文社会科学版）》该刊为综合性人文社会科学学术刊物。该刊有“中国特色社会主义理论研究”、“苏中地区经济社会发展研究”、“中国儒商研究”、“扬州文化研究”、“女性文学多棱镜”、“审美新视角”等特色栏目。该刊为全国中文核心期刊、中国核心学术期刊、中国人文社会科学核心期刊、中国人文社科学报核心期刊、中国期刊方阵、双效期刊、全国百强社科学报、华东地区优秀期刊。 《扬州大学学报（高教研究版）》该刊为综合性高等教育研究刊物，坚持理论联系实际研究和探索高等教育改革与发展的各类问题，既发表高等教育改革与发展的理论性研究论文，也刊登具有普遍指导意义的高校教育教学改革的实践经验，内容覆盖了高等教育的方方面面。该刊被《高校文科学术文摘》、中国人大复印资料中心、《教育文摘周报》、《新华文摘》等都不同程度地转载、摘引该刊所发论文。该刊为中国核心学术期刊、江苏省期刊方阵优秀期刊、第二届全国优秀社科学报。 《扬州大学学报（自然科学版）》该刊是自然科学综合性学术刊物。主要刊登数理科学和化学、工业技术、环境科学等门类的学术论文。该刊为全国中文核心期刊、中国期刊方阵双效期刊、中国科技核心期刊。该刊被美国《数学评论》（MR）、俄罗斯《文摘杂志》（РЖ）、德国 《数学文摘》（ZBL）、美国《化学文摘》（CA）、美国《生物学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国无机分析化学文摘》、《中国生物学文摘》、《中国力学文摘》等国内外著名检索期刊收录。并被《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网全文数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《全国报刊索引（自然科学技术版）》、《万方数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《华艺数位艺术股份有限公司》、《中国科技期刊全文数据库（重庆维普）》全文收录。 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》（原《江苏农学院学报》、《江苏农业研究》）该刊是综合性农业与生命科学学术期刊。主要刊登农业科学、动物科学、动物医学、生物技术、园艺、植物保护、食品科学、基础医学等学科的学术论文。 该刊被国家科技部中国科技信息研究所、中国科学院、北京大学图书馆分别入选为“中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊” 、“中国科学核心期刊”、“全国中文核心期刊”。被联合国粮农组织AGRIS、英国CABI、动物学记录（ZR）、美国DIALOG、化学文摘（CA）、波兰哥白尼索引（IC）、国内所有以”中国”名头出版的农业文摘类期刊和部分医学文摘期刊及《中国生物学文摘》等作为一次文献源期刊收录。2002年以来多次获教育部”全国高校优秀科技期刊一等奖”及全国农业优秀期刊（学术类一等奖），蝉联”江苏省双十佳期刊”。 图书馆藏 截至2014年9月，全校拥有文献402万余册；年订购中文报刊3376种，原版外文期刊548种。馆内藏有《四库全书》、《续修四库全书》、《四库全书目录丛刊》、《近代中国史料丛刊》等大型文献，馆藏中苏北方志较为齐全，文史、农业、烹饪类文献具有特色，敦煌学资料丰富。馆内拥有丰富的电子文献资源，藏有各种电子出版物，包括中国期刊网镜像站、超星数字图书馆、北大方正Apabi数字图书系统、EI、PQDD、IEEE/IEE等国内外大型数据库40种，折合电子文献7万册。