网站主要交易版块有“旧书店联盟”、“在线拍卖”、“旧书广场”、“特色广场”和“拍卖联盟”。主要社区版块包括“夫子资讯”、“夫子社区”、“古旧书院”、“专栏作者”和“夫子博客”等。“旧书店联盟”是网站的主要交易区之一，卖书人以在网络上开设虚拟书店的方式销售图书。加盟书店有很多是实体书店，自从他们在孔网开通网上书店以来，每年的交易额节节攀升。“在线拍卖”是网站的另一个主要交易区，分为“珍本拍卖”和“大众拍卖”两部分，是为了方便广大书友拍卖一些珍稀图书或价值较高的旧书而设立的拍卖平台。“旧书广场”是为买卖旧书提供的自由交易广场，会员可以在这里自由交易和发布求购配售信息，人气非常高，信息更新速度快。“拍卖联盟”汇聚了国内11家大型拍卖公司，展现给网友最新、最快的各种拍卖信息。这些拍卖公司包括中国书店海王村、中国嘉德拍卖公司和上海博古斋等业界最有名气的公司。“夫子社区”和“夫子博客”是交流中国图书文化、古旧书知识和会员间沟通感情的两个版块。社区亲和力强，交流融洽，深受广大书友喜爱，凝聚了相当的人气。这为网站发展成为最大的中国传统文化社区提供了可能性。“夫子资讯”展示了业内外关于古旧书的各种媒体报道和其他信息；“古旧书院”中的淘书指南、淘书地图、藏家专栏和版本学堂等栏目更成为中国图书文化资源的宝库，为网站创立中国最大的旧书信息中心了奠定了基础。“专栏作者”是孔夫子旧书网为网上注册的资深作者和书友提供一个展现自己文字风采、藏书风格的个人空间，搜集了站内众多的精品读书、藏书文章以及善本书影资料。
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