蔡军教授主持了多项建筑设计竞赛并获奖。代表性的有:第3届亚洲冬季运动会综合体育馆设计竞赛(1等奖,1994年),该方案被选为实施方案,于1996年竣工,并在亚冬会中使用全国“新江南水乡”公共建筑小品设计竞赛一等奖(2007年)纵向课题4项:中国古典建筑书《工程做法则例》的研究(JSPS、2000-2002年、主持)从煎茶席意匠角度研究近代和风建筑的历史建筑特质(日本文部省、2000-2002年、主要参加)中日两国古典建筑构架设计手法的比较研究(教育部留学回国人员科研启动基金、2003年、主持)工业遗产再利用的国际经验及对上海的借鉴(上海市科学技术委员会、2008-2009年、主要参加)横向课题多项代表性的有:上海市闵行区浦江镇杜行老镇历史文化风貌区保护性规划与城市设计(2008年、主持)上海市闵行区七宝文化公园概念规划(2008年、主持)上海国际中小企业城园中园规划概念设计(中标、2005年、主持)上海市南汇区新场古镇修建性详细规划与古建保护利用概念设计(2005年、主持)上海财富广场景观设计(2002年、主持人之一)论文63篇主要发表在《建筑学报》、《日本建筑学会计划系论文集》、《建筑师》、《新建筑》、《华中建筑》等国内外核心期刊及国际会议上。著作5部历届世博会建筑设计研究(1851-2005),中国建筑工业出版社,2009年(专著、第一著者)《工程做法则例》中大木设计体系,中国建筑工业出版社,2004年(专著、第一著者)安藤忠雄连战连败,中国建筑工业出版社,2005年(译著、第二译者)景观设计员,中国劳动社会保障出版社,2008年(编著、副主编)中国建筑装饰设计作品选,香港天马出版社,2003年(编著、编委)