近年来，吴嘉瑞副教授在《中国中药杂志》、《中华中医药杂志》、《药物流行病学杂志》、《中药新药与临床药理》和《中国药物警戒》等权威期刊发表论文160余篇，编写学术著作书籍近20部，包括主编《国医大师颜正华临床经验实录》、《中药注射剂不良反应与安全应用》、《学中医系列丛书——中药学》，副主编国家重点图书《百年百名中医临床家丛书——颜正华》和北京市精品教材《中药不良反应与警戒概论》等。
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