1954年西北农科所成立初,设行政组、农艺组、园艺组、土肥组、植保组和试验农场。1958年陕西分院成立后,对原西北农科所机构进行调整,设立院务会议和学术委员会,下设干部科、秘书科、行政科和试验农场。科研机构设作物系、植保系、耕作系、土肥系、气象组、农经室、水保研究室、蔬菜室和分析室;陆续新组建了陕西省棉花研究所、农业机械研究所、果树研究所、畜牧兽医研究所、蚕桑研究所和林业研究所。后随着建制调整,机构几经设撤,至1998年底,院行政机构设办公室、科研处、产业处、人事处、计财处、行政处。专业研究机构设粮食作物研究所(玉米作物研究所)、小麦研究中心、蔬菜花卉研究所、经济作物研究所、棉花研究所、果树研究所、畜牧兽医研究所、蚕桑丝绸研究所、土壤研究所(旱地农业研究所)、植物保护研究所、黄土高原治理研究所、农业经济科技信息研究所(农业区划研究所)、黄土高原测试中心(农副产品加工研究所)。同时设有国家黄土肥力和肥效监测基地、陕西省农产品质量监督检验站、陕西省科技成果检测鉴定机构、国家农业科技情报体系AGRIS西北分中心。
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