2006年荣获国家自然科学一等奖；10年来取得国家自然科学二等奖12项，名列大陆高校第一。在最能反映基础研究水平的SCI论文榜上曾经在我国大学中领跑7年；在国际顶尖杂志《Science》和《Nature》发表的论文数全国第一。1995年，世界顶级学术期刊《Science》发布的大学排行榜中，南京大学位列中国高校第二，仅次于北大。英国伦敦泰晤士报最新全球顶尖大学排行榜，南京大学位居143位，位于亚洲大学第27位，居国内高校第五。上海交通大学高等教育研究所2008年世界大学学术排名，居国内高校第一。2009年中国高校国家重大自然科学奖排行榜，位居国内高校第三。2002年、2003年、2004年、2005年、2007网大中国大学排行榜，位居国内高校第三。中国管理科学研究院《中国大学评价》课题组武书连：2009年中国15所一流大学之一，2009年中国研究型大学研究生创新环境排名，位居国内高校第四。
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