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截至2012年12月，北医拥有1个国家重点实验室，1个国家工程实验室，29个省部级重点实验室和研究中心。成立了糖尿病研究中心、医学遗传学中心、衰老研究中心、感染病研究中心、系统生物医学研究所、临床研究所、医学信息学中心、中国卫生发展研究中心等研究机构 。国家重点实验室：天然药物及仿生药物国家重点实验室国家工程实验室：口腔数字化医疗技术和材料国家工程实验室教育部重点实验室：分子心血管学教育部重点实验室、神经科学教育部重点实验室、恶性肿瘤发病机制及转化研究教育部重点实验室、视觉损伤与修复教育部重点实验室、慢性肾脏病防治教育部重点实验室、辅助生殖教育部重点实验室教育部工程研究中心：再生医学教育部工程研究中心卫生部重点实验室：卫生部精神卫生学重点实验室、卫生部神经科学重点实验室、卫生部肾脏疾病重点实验室、卫生部医学免疫重点实验室、卫生部心血管分子生物学与调节肽重点实验室、卫生部生育健康重点实验室卫生部工程研究中心：卫生部口腔医学计算机应用工程技术研究中心北京市重点实验室：皮肤病分子诊断北京市重点实验室、造血干细胞移植治疗血液病研究北京市重点实验室、丙型肝炎和肝病免疫治疗北京市重点实验室、脊柱疾病研究北京市重点实验室、生殖内分泌与辅助生殖技术北京市重点实验室、磁共振成像设备与技术北京市重点实验室、恶性肿瘤转化研究北京市重点实验室、食品安全毒理学研究与评价北京市重点实验室、蛋白质修饰与细胞功能北京市重点实验室、儿科遗传性疾病分子诊断与研究北京市重点实验室、肝硬化肝癌外科基础研究北京市重点实验室、骨与软组织肿瘤诊治研究北京市重点实验室、痴呆诊治转化医学研究北京市重点实验室等 2014年度，医学部共获批973/重大科学研究、863计划、科技支撑、卫生公益性行业专项等国家科技计划项目（课题）28项，经费25亿元。其中，张强牵头的重大科学研究项目获滚动支持，张强获聘重大科学研究计划项目首席科学家；陆林获聘973计划项目首席科学家。李立明牵头的卫生公益性行业专项获得滚动支持。陶勇获得医学部在863计划领域第一个青年科学家专题项目。2014年度获批国家自然科学基金303项，批准经费9亿元。其中，第一医院杨勇、陈旻，口腔医院邓旭亮获国家杰出青年科学基金资助；第三医院王乐今申报的国家重大科研仪器研制项目“植入式青光眼眼压监测与微引流智能仪器的研究”获准立项，批准经费710万元。黄晓军牵头的《移植后白血病复发及移植物抗宿主病新型防治体系建立及应用》、郭卫牵头的《原发恶性骨肿瘤的规范化切除及功能重建的系列研究》两项成果获得2014年度国家科技进步二等奖。2014年度SCI数据库收录的以北京大学医学部为第一作者或通讯作者单位的文章总数为1930篇，北医的科研论文产出数量和质量逐年递增，文章总数较去年的1456篇增长了6%，在国际著名期刊上发表的高水平文章的影响因子也逐年提高。黄晓军团队在《NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICIN》杂志上发表通讯；乔杰团队在《NATURE》杂志上发表研究论文；纪立农团队在《LANCET》杂志上发表综述；尹玉新团队在《CELL METABOLISM》杂志上发表研究论文。2014年科研合同签约462项，签约资金12405万元。基础医学院王凡教授的技术成果《新型特异性肿瘤显像剂》，以3000万元签约资金，成功转让给广东某药业 。 馆藏资源 北京大学医学图书馆源于1922年7月成立的国立北京医学专门学校图书馆。藏书以生物及医药卫生类为主，截至2010年5月，图书馆共有各类藏书70余万册（含附属医院图书馆）。收藏有中外文纸本期刊近4000种，其中中外文现刊781种。有电子期刊25198种,其中生物医学类电子期刊5000余种。图书馆特藏包括珍、善本古代图书，其中有中国大陆唯一珍善本手抄本《太平圣惠方》一部十函共100卷100册。1985年，国家教育部在医学部建立了全国唯一的医学外国教材中心。1991年，图书馆被卫生部确定为文献资源共享网络系统华北地区中心馆。1993年被卫生部医学情报工作管理委员会确认为科研成果查新定点单位（北京大学医学信息咨询中心）。1998年教育部决定在北京大学医学部设立中国高等教育文献保障系统（CALIS）全国医学文献信息中心，作为“211工程”医药重点学科所需文献的保障基地。2010年5月，被评为BALIS原文传递学科服务馆，成为六家学科服务馆之一 。 学术刊物 期刊杂志名称　　主办单位　　创刊时间　　地位　　北京大学学报（医学版）北京大学1959年被各检索系统收录情况：　　国外：美国医学文献分析和联机检索系统、美国EBSCO、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》、俄罗斯《文摘杂志》和世界卫生组织《医学增补文摘》收录、世界卫生组织西太平洋地区医学索引、日本科学技术振兴机构文献数据库。　　国内：中国科技论文与引文数据库、中国科学引文数据库、中国生物医学文献数据库、中文生物医学期刊文献数据库和中文核心期刊要目总览（第5版）核心期刊。也是《中国医学文摘》、《中国生物学文摘》和《中国药学文摘》收录期刊。本刊全文入编万方数字化期刊全文数据库、中国期刊网和中国学术期刊（光盘版）全文数据库。获奖情况：　　1992年全国优秀科技期刊评比三等奖，1997年第二届全国优秀科技期刊评比二等奖，2004年全国高校优秀科技期刊评比一等奖，首届中国高校精品科技期刊奖，第二届中国高校精品科技期刊奖，第三届中国高校精品科技期刊奖，2003年百种中国杰出学术期刊，2004年百种中国杰出学术期刊，2005年百种中国杰出学术期刊，2006年百种中国杰出学术期刊 。 中国生物化学与分子生物学报　　　　　　中国临床药理学杂志中国药学会1985年全国一级学术刊物、中文核心期刊 。中国药物依赖性杂志　　　　　　中国生育健康杂志北京大学2002年卫生部直属单位专业技术职称评审的核心期刊 。中国药学（英文版）中国药学会1992年为中国科技核心期刊（中国科技论文统计源期刊）、《化学文摘》、美国《乌利希期刊指南》、英国《国际农业与生物科学研究中心》、波兰《哥白尼索引》、荷兰《文摘与引文数据库》、《中国期刊全文专题数据库》等文摘及数据库收录 。中国微创外科杂志北京大学2001年----------- 中国介入心脏病学杂志北京大学1993年国家级科技核心期刊 。中国血液净化中华医学会医院管理学会　　国家级重点学术期刊、血液净化专业类核心期刊、中国学术期刊综合评价数 据库统计源期刊、万方数据资源系统全文收录期刊、被“中文 生物医学期刊文献数据库-CMCC”收录 。中国斜视与小儿眼科杂志　　1993年自1996年起被编入《中国学术期刊光盘版》，1999年进入国家科技部“中国科技论文统计源期刊 。中华医学科研管理杂志中华医学会医学科研管理学会1988年1999年12月，经国务院新闻办、国家新闻出版总署审核备案，本刊由《中国期刊网》、《中国学术期刊（光盘版）》全文收录。同时，作为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊全文收录 。中国糖尿病杂志北京大学　　入选2001年“中国期刊方阵”之“双效”期刊 。中华围产医学杂志中华医学会1998年自2000年起被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国科学文献引量评价研究中心》全文收录 。中国新生儿科杂志北京大学1986年为“中国科技论文统计源期刊”、“中国科技核心期刊” 。中华医学教育杂志　　　　　　生理科学进展中国生理学会1957年入选《美国医学索引》、《美国化学文摘》、中国科学引文数据库、国家科技部中国科技论文统计源期刊、中文核心期刊要目总览、中国生物医学核心期刊、中国学术期刊（光盘版）、中国期刊网、万方数据资源系统数字化期刊群等 。中国心理卫生杂志　　　　　　中国疼痛医学杂志　　　　　　医院管理论坛

在刚刚出版发行的《2009年版中国期刊引证报告（核心版）》（中国科学技术信息研究所）中，公布了各学科期刊最新影响因子。其中，眼科学期刊影响因子排名如下：1中华眼科杂志8752眼科新进展8553中国实用眼科杂志4924眼科4595中华眼底病杂志4186眼外伤职业眼病杂志4067眼科研究3558眼视光学杂志2829中国斜视与小儿眼科杂志27710临床眼科杂志179