1979年中国土木工程学会恢复活动后,成立全国土力学及基础工程学会并推选卢肇钧为常务副理事长(黄文熙先生为第一届理事长),1986年又选举卢肇钧为第二届理事长。他主持领导学会工作共十一年(1979-1990),在此期间对学术工作的主要贡献有:1、主持召开了我国第三届(1979年在杭州)、第四届(1983年在武昌)、第五届(1987年在厦门)全国土力学及基础工程学术会议,并组织出版了各次会议的论文选集。2、组织我国的学术论文和代表团出席了国际土力学及基础工程学会第十届(1981年在Stockhom)和第十一届(1985 年在San Francisco)国际大会,并代表我国学会出席了国际土力学协会的执行委员会。3、1988年首次在我国北京召开了有30多个国家学者参加的“北京国际区域性土的工程问题学术讨论会”,并出版了会议论文集。4、为了推动我国建筑业地基加固技术的发展与提高,成立了《地基处理学术委员会》,组织学术讨论,出版地基处理学术刊物,并集中全国有关专家的主要研究成果与经验共同编写出版了《地基处理手册》。这个手册极受国内建筑界的欢迎,被评为1988年的优秀图书之一。5、主编《中国土木工程指南》的第四篇“土工与地基基础”,作为学会对我国工程师的指导手册,并在其中论述了“土的变形破坏机理和土力学计算理论问题”,阐明对复杂的土力学问题应从许多不同的角度全面考虑,并应进行“综合分析判断”。