1996年回港以来，莫树锦教授从事教学、肿瘤科临床，肺癌及肝癌科研。设计化疗药物的临床测试与一些非化疗药物研究，如生物治疗、中医治疗等，及承担一个“早期肝癌筛查”的大型研究。2001年1月，参与创立“综合癌症科研中心”。主要发展科研临床服务、基础与临床应用。 2002年，本人连同其他亚洲的科研中心的主管包括中国、南韩、澳洲于创办肺癌科研学会兼任主席。这个学会作机构合作临床实验，控制实验计划的品质及质量，与欧美先进国家并列。曾于国际级肿瘤科学杂志发表论文论著六十余篇。编纂教科研讲义及教材多部。获得优秀年轻研究员演绎奖，参加国际大型学术会议多次，并做大会发言。现任10家国内外癌症杂志编委。莫树锦多年来致力肺癌生物标记的研究，多项研究均处于世界领先地位。莫树锦于2009年发表的研究确认，有“基因变异”的癌症病人更适合接受标靶治疗，提供了肺癌治疗的新方向。医生可据此针对不同的基因变异为病人订造治疗方案，实现“个人化治疗”。 2018年，获评为“2018年最广获征引研究人员”（Highly Cited Researchers 2018）。 香港中文大学医学院肿瘤学系系主任 、威尔斯医院病人癌症资源中心主管、广东省人民医院名誉教授、香港癌症医疗协会主席、肺癌科研学会主席、第三届CSCO委员会副秘书长。兼任电视节目主持，杂志专栏作者。
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