1996 年起《电子显微学报》同时发行印刷版和电子版，1998 年成为中国科技信息研究所万方数据网络中心的 Chinainfo 首批上网的学术期刊《电子期刊》。《电子显微学报》 1992 ～ 1993 年名列“中国自然科学核心期刊 ” 第 73 名； 1996 年按影响因子排序列中国科技期刊工程技术类刊物第三名； 1994 年起连续列入“被引频次最高的中国科技期刊 500 名排行表 ”；国际著名检索机构《化学文摘》 CA 收录， 1998 年在 “ CA被引频次最高的国际科技期刊一千名排行表 ” 中第 587 名。 2003 年《电子显微学报》影响因子提高到404 ，在全国 1534 种来源期刊中列第 352 名；2011年影响因子达到0，再创新高。全国电子通讯类 53 种来源期刊中列第 6 名；其被引频次在全国电子通讯类 53 种来源期刊中列第 15 名。德国编辑出版的国际著名学术期刊《光学（OPTIK）》连续登载本刊的论文题目。
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