2003年共获各种科研项目432项，共获得资助资金1570万元，申报国家自然科学基金获资助33项，在黑龙江省无论在获得项目数还是经费资助金额上，均列全省第二。出版科技著作168部，发表论文1731篇，其中国外期刊140篇，被SCI收录36篇，在学术界具有巨大的影响力。2004年学校共获各种科研项目532项，共获得资助资金9万元，其中国家级项目44项，863、973子项目共8项，获国家十五攻关计划1项，再次获得国家自然科学基金重点项目1项，部委项目19项，省级项目84项。在黑龙江省仍然排名第二。出版科技著作132部，发表论文2261篇。被SCI收录65篇，EI收录11篇。2005年共获得各级科研课题756项，获各类资助经费5万元。其中国家自然科学基金35项（面上项目30项、主任基金4项、国际合作项目1项），资助经费740万元；中国博士后基金10项，资助经费18万元；省部级课题210项，资助经费1195万元；地市级课题39项，资助经费139万元；厅局级课题472项，资助经费5万元。博士后经费393万元。全年共获各级各类奖励94项。其中获国家自然科学二等奖（第三完成单位）1项，获教育部提名国家科学技术奖3项：自然奖一等奖1项，进步奖二等奖2项；获省政府科学技术奖33项：二等奖14项，三等奖19项。博士后进站86人，出站28人。发表科技论文1942篇，共中EI 4篇、SCI 69篇，发表著作116部。获国家自然科学二等奖一项（一等奖空缺）。2005年至2010年，获国家自然科学二等奖3项，国家科技进步二等奖3项，部省级科研成果奖280项。获国家自然科学基金创新研究群体项目1项，国家自然科学基金重点项目及国家自然科学基金资助项目768项。主持国家“973”项目1项、“863”项目5项、国家“十一五”科技支撑计划4项、科技部重点重大国际合作项目4项。获卫生行业科研重大专项1项。获葛兰素史克(GSK)中国研发中心生命科学杰出成就奖、保罗--杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人奖等国家及黑龙江省最高科学技术奖120余人次。 学校获国家奖项国家科技进步二等奖3项 系列性脾保留性手术的基础与临床研究获奖者：姜洪池实体瘤的细胞遗传学研究获奖者：李璞同种原位心脏移植的实验和临床应用研究获奖者：哈尔滨医科大学 国家自然科学二等奖3项 全反式维甲酸与三氧化二砷治疗恶性血液疾病的分子机制研究获奖者：张亭栋抗心律失常药物作用的离子通道靶点研究获奖者：杨宝峰中国不同民族永生细胞库的建立和中华民族遗传多样性的研究获奖者：傅松滨 截至2013年，学校有22个部省级、4个校级实验室。省部共建黑龙江省生物医药工程重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地省部共建教育部生物医药工程重点实验省部共建教育部心肌缺血机理与诊疗技术重点实验室省部共建肝脾外科重点实验室黑龙江省科技厅：黑龙江省医学分子生物学重点实验室黑龙江省肿瘤生物治疗重点实验室黑龙江省营养与食品卫生学重点实验室黑龙江省感染与免疫重点实验室黑龙江省麻醉与危重病学重点实验室卫生部：卫生部病因流行病学重点实验室卫生部细胞移植重点实验室黑龙江省普通高校：哈尔滨医科大学医学遗传学重点实验室哈尔滨医科大学营养与食品卫生学重点实验室哈尔滨医科大学药物研究重点实验室哈尔滨医科大学神经外科重点实验室哈尔滨医科大学麻醉基础理论与应用研究重点实验室哈尔滨医科大学病因流行病学重点实验室哈尔滨医科大学医学病原学（BSL-3）重点实验室哈尔滨医科大学肝脾外科重点实验室哈尔滨医科大学移植免疫基础与应用重点实验室哈尔滨医科大学神经生物重点实验室哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室哈尔滨医科大学重点实验室：哈尔滨医科大学血液与造血系统疾病重点实验室哈尔滨医科大学分子影像学重点实验室哈尔滨医科大学肿瘤生物学基础重点实验室哈尔滨医科大学药物与内源性物质代谢实验室 木直中绳 博学载医“木直中绳”含义为各种可用的木料经木师测量加工成材；意寓学生经培养后成材。 “博学载医”含义为渊博的知识，承载博大精深的医学。
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