根据2015年10月研究所官网显示，研究所承担了973、科技攻关、863、自然科学基金和院知识创新工程等国家和中国科学院的重大科研任务，在人工全合成牛胰岛素、酵母丙氨酸转移核糖核酸的人工全合成、蛋白质功能基团的修饰与其生物活性之间的定量关系、胰岛素三维结构与功能研究等生命科学重大前沿领域取得了世界领先水平的研究成果。 截至2014年08月，生物物理所先后获得国家自然科学奖一等奖2项、二等奖10项，国家科学技术进步奖二等奖2项，并多次获得省部级及中国科学院重要奖项，授权发明专利170项，发表高水平论文数量和篇均引用数位居全国生物学研究机构前列。 其中2013年，研究所主持科研项目/课题共计329项。其中，主持国家“973”计划、重大研究计划项目10项（新增3项），课题49项（新增8项）；“863”计划4项；重大科技专项13项（新增1个课题）；科技支撑计划1项；重大仪器研制1项。主持创新研究群体科学基金1项；国家重大科研仪器设备研制专项1项；重大项目课题2项；重点项目10项（新增3项）；科学仪器基础研究专款1项；重大研究计划项目16项（新增3项）；国家杰出青年科学基金项目7项（新增2项）；优秀青年科学基金项目4项（新增2项）；优秀国家重点实验室研究专项2项；面上项目72项（新增28项）；青年科学基金项目77项（新增33项）。主持中科院重大仪器研制项目5项、重要方向性项目2项、战略性先导科技专项（A类）子课题7项（新增2项）、战略性先导科技专项（B类）课题3项（新增5项）、仪器功能开发项目2项、重点部署项目1项（新增2项）。主持各类国际合作项目40项（新增24项）。2013年，研究所共发表SCI收录论文331篇，篇均影响因子1；其中以第一单位发表SCI论文158篇，篇均影响因子0；影响因子5以上的SCI论文133篇，其中第一单位论文68篇；影响因子在PNAS以上的SCI论文61篇，其中第一单位论文30篇。研究所共申请专利34项，其中中国发明专利30项，实用新型专利2项，PCT国际发明专利2项；授权专利11项，全部为国内发明专利，另外有2项发明专利已收到授权通知并办理了登记手续。 《生物物理学报》（双月刊）创刊于1985年3月，是由中国科学技术协会主管、中国生物生理学会主办的中国唯一的生物物理学专门期刊，其发表有关生物物理学、分子生物学和膜与细胞生物学、神经生物学、纳米生物学、光生物学等领域基础研究和应用研究方面具有原创性的高水平研究论文、快报和综述文章，还刊登有关重大科技新闻的背景介绍和书评；并被美国《化学文摘》、中国核心期刊要目总览、中国科技论文与引文数据库、中国科学引文数据库、中国学术期刊文摘、中国学术期刊全文数据库及万方数据库等检索系统收录。 《生物化学与生物物理进展》创刊于1974年，是中国国内外公开发行的全国性学术期刊，由中国科学院生物物理研究所和中国生物物理学会共同主办。主要报道生物化学、分子生物学、生物物理学及神经科学等领域的中中国国外最新进展，设有微型述评、综述与专论、研究报告、技术与方法、研究快报等十几个栏目；并被SCI、CA、俄罗斯文摘等国际权威检索系统收录。曾多次荣获国家级或省（部）级期刊奖。 《Protein & Cell 》（英文版）是发布关于多学科领域在生物学和生物医学的最新发展原创性研究文章，并强调蛋白质和细胞研究的同行评议的国际期刊。其主题领域包括：生物化学、细胞生物学、发育生物学、遗传学、免疫学、微生物学、分子生物学、神经科学、肿瘤学、蛋白质科学、结构生物学和转化医学；其中该期刊2014-2015SCI影响因子为247。
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