植物检疫是植物保护的一个重要部分。但植物检疫所具有的特点却不同于植物保护通常采用的化学防治、物理防治、生物防治和农业防治等措施。主要区别有以下三个方面：第一，植物检疫的对象与一般防治的对象不同。植物检疫针对的有害生物一般都是国家有关法律、法规规定的，以及几个国家双边或多边植物检疫协定规定的危险性特别大的一些害虫、病原物或草害，往往是国内未发生或分布未广的、且一旦传入可能引起重大经济损失的有害生物。这就决定了可能传带这些危险性有害生物法定应检物在某一特定区域（国家、地区）流通时都需接受植物检疫，只有经植物检疫合格或检疫处理合格后，这些应检物方可进入该地区。第二，两者所采取的处理要求不同。经检验发现有害生物后要采取化学的或物理的方法来处理受感染或受害的应检物，从这点来说植物保护和植物检疫有一定的共性，但两者的最终要求却不同。植物检疫所要求的是应检物经检疫处理后不再带有限定的有害生物，或达到经过风险分析后的允许指标，即检疫处理的效果要求彻底杀灭有害生物或即使带有也不能造成为害；而植物保护中所言的化学防治、物理防治等的防治效果往往只要求将有害生物的为害程度控制在经济允许的阈值或防治指标以内。第三，植物检疫的研究内容与工作方法不同。植物检疫所针对的有害生物一般都是本国、本地区未发生或分布未广的危险性有害生物。因此，植物检疫的重点是及时掌握国内外危险性有害生物的分布、发生、为害情况等信息，对这些危险性有害生物作风险分析，并在此基础上做出检疫决策，有针对性地研究这些有害生物的检测技术与鉴定标准、处理方法等。工作中，植物检疫是以法律、法规为依据，依靠各相关部门（海关、外贸单位、邮电、交通运输等部门）的紧密合作来防止有害生物传入或传出。而植物保护所研究的是针对本区域内发生的各种重要病、虫、草鼠害，包括它们的发生、流行与防治，在此基础上制订某一地区某一作物上特定有害生物的综合防治计划。
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