广东高等教育出版社主要由以下几个部门组成：办公室（人力资源管理办公室）： 组织协调行政、人事、宣传和后勤保障，以及对外联络工作，组织开展企业文化建设活动，等等。财务部：负责社本部和下属公司财务管理工作。制定本社资金运营方案；对各部门及下属公司各项经济活动的合法性、合理性和真实性进行指导和监督。出版部：安排书稿排印；申报选题并申请书号；管理本社样书。编辑部：融选题策划、组织书稿、书稿审查、编辑加工、装帧设计、校对和质量管理为一体的业务部门。第一编辑室（综合编辑室）：负责策划、组织、审读和编辑加工文史、教育学、心理学等学科教材和学术著作，开发地方文化读物和大众读物。第二编辑室（中等职业教育教材编辑室）：负责策划、组织、审读和编辑加工中等职业教育教材、教辅读物，教师培训教材、教学参考书，教研创新成果。第三编辑室（大学教材编辑室）：负责策划、组织、审读和编辑加工普通高等教育和成人高等教育教材、教辅读物，教师培训教材、教学参考书，教研创新成果和学术著作。第四编辑室（中小学教材教辅编辑室）：负责策划、组织、审读和编辑加工中小学教材和教辅读物，教师培训教材、教学参考书，学前教育教玩具，教研创新成果。第五编辑室（高等职业教育教材编辑室）：负责策划、组织、审读和加工出版高等职业教育教材、教辅读物，教师培训教材、教学参考书，教研创新成果。装帧设计室：负责本社图书的装帧设计和有关宣传广告工作。审读质检室：协助书稿审读工作，负责图书印前印后的质量检查。校对室：负责对本社出版物的校对工作。教材研发中心依托广东省教育研究院，研究课程和教学教材的政策动态，关注教育理论成果、实践成果，研发适合各级各类学校的教材、教学指导用书、教学辅助资源。对外合作部：负责对外合作业务，开展版权合作与版权贸易。数字出版中心：承担出版社信息化建设任务以及本社门户网站的管理，承担本社数字出版发展战略的规划和实施，着重开发教育数字出版资源。营销部：负责本版图书营销策划、市场调查和推广、销售，收集、反馈市场信息。储运部：负责本版图书入库、保管、发运以及部门间数据传送等工作。
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