自学校首任校长陈宝琛先生为代表的近代福州藏书家大量捐赠其珍藏之后,又经该管几代同仁的悉心觅访,搜辑遗佚,馆藏文献,蔚为大观,驰名东南。截至2013年,该管拥有藏书 264 万册,具有多学科、多语种、多载体、门类齐全等特点的适应高校教学与科研需要的藏书体系。其中线装古籍9万多种、20余万册,属元、明、清旧椠及稿本、精抄本等善本古籍近900种、1万余册,截至2013年,已有25部典籍选入《国家珍贵古籍名录》。福建古代地方文献及闽人著述的收藏最为丰富,其中福建省、府、州、县、镇志基本完备,清代以前的闽人别集 600 余种,闽人家谱百余种。专藏学校首任校长陈宝琛先生捐赠的“陈宝琛书室”,部分秘籍佳本,以专制木箱庋藏,缥缃琳琅,古朴书香。另有500多幅宋、元、明、清的历代名家书画和近万张金石碑拓,不乏稀世珍宝。此外,17世纪以来,外国人记述中国的1000余种外文原版书、“五四”前后的一批代表性报刊、民国文献、受赠的价值 800 万元人民币、 1000 多种 30000 多册的《中华再造善本》以及福建师范大学主要前身校私立福建协和大学与私立华南女子文理学院的1300多份毕业论文等,亦为馆藏特色,弥足珍贵。在数字信息资源方面,中外文电子图书近 50 万册,已购入重庆维普、清华期刊、人大复印资料、 World Scientific 等中外文各类数据库 30 余个,并加大馆藏特色数据资源开发力度,自建一系列特色资源数据库,形成印刷型文献和数字信息资源、馆藏实体资源和网络虚拟资源相互补充的文献信息体系,有效地提高了学校图书馆的文献信息保障能力。该馆已荣列国务院批准的“全国古籍重点保护单位”,由此可见该馆深邃厚重的文化内涵及其难以估量的学术史料与历史文物价值。