学会的最高权力机构是会员代表大会，由此选举产生理事会，在闭会期间理事会行使职权。理事会推选出常务理事会在理事会闭会期间行使学会领导职能。 学会每年召开理事会议一次，每年召开常务理事会议 次，审议学会重大事项，还不定期召开会长工作会议，完善学会议事制度。学会下设九个工作委员会负责制定本工作范围内的计划，反映相关的意见，供理事会审议批准。 学会秘书处下设立 个办事机构。贯彻执行理事会常务理事会及会长秘书长办公会议决议及交办的任务，完成学会的日常工作，使学会的各项工作不断细化和规范。 中华口腔医学会成立以来，全国各省、自治区，直辖市相继成立了口腔医学会。全国各省、自治区、直辖市口腔医学会自愿成为中华口腔医学会的单位会员，中华口腔医学会对省、直辖市、自治区口腔医学会有业务指导关系。中华口腔医学会成立以来注重专业学科的发展，积极稳妥地组建专科专业委员会(或分学会)，已组建专科专业委员会21个，分会3个，来自全国各地的1000余名口腔领域各学科的优秀专家成为专业委员会、分会的委员，这些专家是学会开展各项工作最坚实的学术力量。理事会下设组织工作委员会、学术工作委员会、编辑工作委员会、科普工作委员会、中青年医师工作委员会，负责制定本工作范围内的计划，反映相关的意见，供理事会审议批准。秘书处学会机关设立秘书处、学会办公室、学术部、国际交流部、继续教育部、科技研究部、信息部、会员工作部、财务部。贯彻执行理事会常务理事会及会长秘书长办公会议决议及交办的任务，完成学会的日常工作。团体会员北京市口腔医学会、天津市口腔医学会、辽宁省口腔医学会、黑龙江省口腔医学会以、河北省口腔医学会、安徽省口腔医学会、浙江省口腔医学会、福建省口腔医学会、广东省口腔医学会、海南省口腔医学会、湖北省口腔医学会、广西自治区口腔医学会、云南省口腔医学会、上海市口腔医学会、山西省口腔医学会、四川省口腔医学会、内蒙古自治区口腔医学会、陕西省口腔医学会、江西省口腔医学会、吉林省口腔医学会、宁夏回族自治区口腔医学会、青海省口腔医学会专业委员会口腔修复学专业委员会、口腔预防医学专业委员会、口腔正畸专业委员会、牙体牙髓病学专业委员会、口腔颌面外科专业委员会、口腔种植专业委员会、口腔材料专业委员会、口腔病理专业委员会、儿童口腔医学专业委员会、牙周病学专业委员会、颞下颌关节病及合学专业委员会、口腔粘膜病专业委员会、口腔修复工艺学专业委员会、老年口腔医学专业委员会、医院管理专业委员会、口腔颌面放射专业委员会、口腔医学教育专业委员会、口腔麻醉学专业委员会、口腔医学计算机专业委员会、中西医结合专业委员会、全科口腔医学专业委员会、口腔生物医学专业委员会，此外还有正颌外科学组、唇腭裂学组、颌面创伤学组、口腔颌面肿瘤学组、口腔颌面脉管瘤学组、涎腺疾病学组，以及民营口腔医疗分会。
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