《临床荟萃杂志》现是中国科技论文统计源期刊(中国科技论文核心期刊)（2006、2008版科技论文统计源期刊目录期刊）。1992年至2004年连续4届入选北京大学图书馆《中文核心期刊目总览》内科学类核心期刊，2001年被国家科技部、卫生部等五单位确定为“中国生物医学核心期刊”。2001年在国家新闻出版总署实施的“精品战略”中，本刊入选“中国期刊方阵-双效期刊”。2003年入选为“中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊”。2001年加入“万方数据-数字化期刊群”，并被“中国核心期刊(遴选)数据库”收录。2001年被中国人解放军医学图书馆“中文生物医学期刊文献数据库”收录。
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