《自然辩证法通讯》是在中国改革开放的总设计师邓小平的亲自关怀和大力支持下创刊、出版的。1977年10月19日,李昌、于光远、钱三强三人联名向“方毅同志和邓副主席”提交“请示报告”,拟由中国科学院筹备出版《自然辩证法通讯》杂志。此件经“华主席、党中央批准”后,中国科学院在1978年2月27日遂将“请示报告送:中共中央宣传部、组织部,国务院各部门,各省、市、自治区党委宣传部,中国社会科学院,上海市委;发:各省、市、自治区科委,中国科学院分院,院直属、双重领导单位,院机关各部门。”1978年3月2日,中国科学院正式发出“关于成立《自然辩证法通讯》杂志社的函”。该函是这样写的:“国家计委、财政部、国家劳动总局、物资总局:经中央批准,《自然辩证法通讯》由我院主办,并成立《自然辩证法通讯》杂志社,归我院建制。该社为司局级单位,编制为四十人,其中二十名业务骨干现正与有关部门和地方商调。有关经费、物资等自即日起单独立产。”中国科学院《自然辩证法通讯》杂志社首任主编为于光远,首任社长为钱三强。1985年5月,中国科学院利用杂志社的司局级建制,把院政策研究室与杂志社合并,成立中国科学院科技政策与管理科学研究所。《自然辩证法通讯》遂由该所主办,由其下属的科学哲学研究室编辑、出版。1991年,中国科学院决定把《自然辩证法通讯》移交中国科学院研究生院主办,遂由其下属的人文社科部负责编辑、出版工作。