主要研究方向有:空中交通流量管理、空域规划、空中交通系统安全与效能分析、机场管理与信息化、航线经济与航班优化、 航空运输收益管理、航空物流、航空运输经济地理信息管理、发动机检测诊断与风险评估、维修决策理论与数字化实现技术、 载运工具运行品质研究与模拟、载运工具运行自动化与控制、飞行模拟器、飞机健康及运行安全实时监控、交通管理控制一体化理论及实现技术、民航安全工程与适航技术等。学院以“学术强院”为指导,以“服务民航”为己任,依助南航大雄厚的科研力量和多学科基础,积极开展各项科研和对外学术交流工作。建院以来,先后承担和完成了“九五”、“十五”国家“211工程”建设项目四项,针对民航安全、空管、航空运输规划与管理、民航信息化建设等国家省部级课题60余项,与民航企事业单位合作课题140余项,获得国家省部级科技进步奖20余项,发表学术论文500多篇。特别是,学院实到科研经费总计近4000万元,2006年科研经费首次突破1000万元,承担和完成国家省部级课题36项,与民航、航空企事业单位合作课题100余项,获省部级科技进步奖10项;全院师生发表学术论文375篇,其中核心240篇,被国际SCI、EI、ISTP论文检索百余篇。