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《微生物学报》在我国生物类期刊中的地位在“中文核心期刊要目总览”中，排生物类核心期刊第4～6位（1992、1996、2000、2004年的4个版本）2004年最新版中，位居第6位。在“中国科技期刊引文数据库” 2001年中国主要生物学期刊15名排行表中，总被引频次为470，排在第9位；影响因子为443，排在第13位；基金论文比为81%排在第9名。入选前100 名。在“中国科学引文数据库”排出的前500名核心期刊中，本刊居第63位。

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（1）投稿范围：凡有关微生物学基础研究、应用基础研究及其高技术创新等领域的研究成果，包括普通微生物学，工业、农业、医学和兽医微生物学，免疫学以及与微生物学有关的生物工程等方面的研究报告、简报等，本刊均欢迎投稿。（2）应首次发表：所有来稿均应未在公开出版的刊物上发表过。要求论点明确、数据可靠、行文简练、用词规范、图表清晰、结论合理。（3）介绍信：作者投稿时应声明专投本刊，非一稿两投，一旦发生一稿两投，责任由作者承担。请您登陆本刊网站，在“下载专区”下载，或者进入“稿件远程处理系统”在投稿过程中下载“介绍信模板”，认真填写各项内容后，随稿件一同邮寄给本刊编辑部。（4）本刊中英文稿件均收，对学术水平较高的文章本刊予以优先发表！对于英文投稿，要求学术内容和英文写作水平都应较好。（5）排版要求：为了便于专家审稿，请您严格按照以下具体要求写作，多谢合作！① 每篇投稿的稿件都要加上行标注。② 字号、字体和行间距：文题为三号黑体；图、表、脚注等均为小五宋体；其余均为五宋体；3倍行距。③ 图和表：应依照阅读顺序进行排版，不要将图、表另排在文后，应排到正文中。要通栏排版，不要分双栏排版。④ 采用Microsoft Word for Windows的标准页面设置，即上、下边各空 45 cm，左、右边各空 17 cm。⑤ A4纸输出，单面打印。（6）因本刊版面紧张，对于所有测序结果（核酸、蛋白质），请作者先通过计算机网络进入国际基因库EMBL（欧洲）或GenBank（美国）或DDBJ（日本），申请得到国际基因库接受号（Accession N）后再投稿。（7）作者可以提出建议审稿人2～3 名，并提供他们的单位、研究方向、通讯地址和E-mail地址；也可以提出希望回避的审稿人名单。本刊将结合审稿人库选择2名审稿人。（8）编辑部在看到作者的网上投稿后，当天或次日会给作者发送收稿回执。 2009年10月修订从2006年起，本刊已经开始采用“稿件远程处理系统”，全面实行网上投稿、网上审稿、网上查询等方式进行工作。欢迎广大作者通过登陆本刊网站进行投稿和查询。（1）远程投稿：如果您是第一次通过“远程”给本刊投稿，请先登录本刊网站，在“作者稿件查询”区，进行 注册，并记住您的用户名和口令。如果曾在本刊网站投过稿，则直接输入用户名和密码，登录即可。如果忘了用户名和密码，请联系编辑部。（2）收稿回执：编辑部看到远程投稿后，当日或者次日给作者发《收稿回执》，通知作者投稿成功。（3）编辑部内审：编辑看到远程投稿后，还要对稿件进行内审。内审会有2个结果，直退或受理，接到“受理通知”的作者才可以补交其它材料（纸样介绍信和稿件、受理费）。（4）邮寄纸样：为了保护知识产权，务必请作者提供“研究内容所属单位”出具的介绍信；为了核实文中的图、表等内容，还需要提供一份纸质稿件。（5）受理费：交纳100元审稿费。按照“稿件受理通知”中提供的详细地址、且务必通过邮局汇款，切记夹在纸样材料中随信邮寄！【为了便于查找，请在汇款单上注明“稿件编号”。】