1989年《宁夏医科大学学报》荣获国家教委科技司和国家新闻出版署期刊司颁发的“1989年全国高等学校自然科学学报优秀编辑质量评比”三等奖,同年又获得中国高等医(药)学院校学报编辑学会颁发的“1989年全国高等医(药)学院校学报编辑质量优秀奖” ;在2004年中国高校优秀科技期刊评比中本刊获得“优秀编辑质量奖” ;2005年在中国高校自然科学学报研究会举办的“全国高校科技期刊先进集体”的评比中获“高校科技期刊先进集体”称号;2007在宁夏优秀科技期刊评比中获得二等奖; 2009年获“北方优秀期刊”;2009年获宁夏优秀科技期刊二等奖 ;2010年获《中国科技论文在线优秀期刊》二等奖。2011年荣获《中国科技论文在线优秀期刊》一等奖。