重庆市中药研究院创建于1930年7月,其前身为国民党工商部在南京创建的中央工业试验所。抗战爆发后,迁来重庆。1946年,设立国产药物研究室,构成了中药研究所的雏型。解放后,根据西南地区丰富的中药资源条件,经专家论证,确定了专攻“中药宝库”的科研方向。1957年1月更名为西南中药研究所,隶属中国医学科学院,成为全国最早专门从事中药研究的科研机构。1963年划归四川省卫生厅领导,定名为四川省中药研究所。1997年重庆直辖后,四川省中药研究所划归重庆市,1998年5月7日更名为重庆市中药研究院,现为重庆市科学技术委员会直属副局级事业单位。2009年,经重庆市编委批准,加挂“重庆市中药博物馆”牌子,实行一套班子两块牌子管理、运行模式。