1987年，校址还河北省邯郸市的华北水利水电学院是水部直属全国重点大学，也就是在这一年，学校为了更好的发展，决定搬迁。正当这时，河南省主动找到部里，希望华北水院能搬迁到河南省，可能是河南省痛失中国科技大学、江汉石油学院的缘故吧，河南省表现的很积极，部里听说后很赞同，因为中国两大河流——长江和黄河，在长江流域有两个水利高校——河海大学、武汉水利电力大学，而黄河边上正好空缺，再加上副部级流域机构——黄河水利委员会在郑州，对于兄弟单位也是个照应，所以部里同意，而河南省的态度也打动了华北水院，所有华北水利水电学院正是同意将校址搬迁到河南省郑州市。这样就行成了中国教育史上的又一个史无前例的办学格局，地跨两省一市（河南省、河北省、北京市），一校四址的办学创举，分别是：北京有华北水利水电学院研究生部；河北省邯郸市有华北水利水电学院大专部；河北省磁县有华北水利水电学院成教部及培训中心；河南省郑州市有华北水利水电学院本部。2001年，由于国家教育模式的调整，华北水利水电学院遭到重创——一分为四，这在当年中国大学合并更名大潮中，又是绝无仅有的一家，华北水利水电学院北京研究生部独立，成立中国水利水电科学研究院（后一部分合并给北京工业大学）；河北省邯郸市的大专部与河北建筑科技学院合并组建河北工程大学；磁县岳城水库教学点转交给中国水利水电第五工程局；只保留了郑州本部；在这次分离中华北水利水电学院损失了一大批教授和知名学者，一批部、北京市、河北省重点实验室和设施；在这种情况下郑州大学想合并华北水院的水利专业，被华北水院拒绝。水利工程学科评级为B，管理科学与工程学科评级为B-，地质资源与地质工程学科评级为C+，土木工程、工商管理学科评级为C，数学、动力工程及工程热物理、农业工程学科评级为C就业的话，推荐国家电网、工程局、设计院都挺好进去的。
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