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简单的说就是有的期刊即使是非法的也可以在万方数据库，维普资讯收录。但是中国知网是不收录非法期刊的。比较正规。

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1、万方期刊：集纳了理、工、农、医、人文五大类70多个类目共7600种万方数据科技类期刊全文。万方会议论文：《中国学术会议论文全文数据库》是国内唯一的学术会议文献全文数据库，主要收录1998年以来国家级学会、协会、研究会组织召开的全国性学术会议论文，数据范围覆盖自然科学、工程技术、农林、医学等领域，是了解国内学术动态必不可少的帮手。2、中国知网，是国家知识基础设施（National Knowledge Infrastructure，NKI）的概念。服务内容：1、中国知识资源总库，提供CNKI源数据库、外文类、工业类、农业类、医药卫生类、经济类和教育类多种数据库。2、数字出版平台，数字出版平台提供学科专业数字图书馆和行业图书馆。3、文献数据评价，为各期刊编辑部了解自身的社会影响力与学术影响力的变化提供了一个动态的观察窗口4、知识检索，提供文。献搜索、数字搜索、翻译助手、图形搜索、专业主题、学术资源以及学术统计分析搜索服务。重庆维普期刊是根据国际标准ISO3297制定的连续出版物国际标准编码，其目的是使世界上每一种不同题名、不同版本的连续出版物都有一个国际性的唯一代码标识。

简单比较一下：　　1、从收录情况来看，维普收录最久，万方收录时间最短，但是现刊万方收录最好，维普最近两年的很多期刊都没有了，特别是医学类的。　　2、文档的清晰度：万方最高，维普最差。　　3、使用方便性：知网和万方差不多，维普最差。　　4、其它：万方的期刊浏览功能做的很好。　　更加深入比较：　　中国知识资源总库（CNKI）《中国知识资源总库》是由清华大学主办、中国学术期刊（光盘版）电子杂志社出版、清华同方知网（北京）技术有限公司发行、数百位科学家、院士、学者参与建设，精心打造的大型知识服务平台和数字化学习系统。目前，《总库》囊括了自然科学、人文社会科学及工程技术各领域知识，拥有期刊、报纸、博硕士培养单位的博士和优秀硕士学位论文、全国重要会议论文、中小学多媒体教辅以及1000多个加盟数据库。全文采用CAJ和PDF格式，必须下载专门的CAJ和PDF浏览器才可阅读。　　中国知识资源总库的重点数据库有：　　《中国期刊全文数据库（CJFD）》截至2007年3月共收录了国内8127种期刊，全文文献总量已达2272万多篇，收录起始时间一般为1994年，个别追溯到1979年或创刊年，按学科分126个专题，内容每日累增。产品形式有网络形式、光盘形式、《中国期刊专题全文数据库光盘版》。　　《中国优秀博硕士学位论文全文数据库（CDMD）》收录2000年至今300多个博硕士培养单位的学位论文，内容每日累增。　　《中国重要报纸全文数据库（CCND）》收录2000年至今1000多种重要报纸，内容每日累增。　　《中国重要会议论文集全文数据库》（CPCD）收录2000年至今400家学术团体的会议论文，内容每日累增。　　《中国企业知识仓库（CEKD）》收录国内5400余种核心与专业特色期刊、博硕论文、报纸、行业标准、法律法规、行业经济数据统计、行业深度研究报告、技术发展动态、国外经济发展动态等信息，涵盖企业技术创新、经营决策、企业管理、WTO、行业动态等专业资料信息。　　《中国图书全文数据库》《中国年鉴数据库》《各行业百科数据库》《声像资料数据库 》《《保持共产党员先进性教育》专题数据库》等。　　以中国期刊全文数据库为例讲解CNKI的检索方式。中国期刊全文数据库有分类检索、初级检索、高级检索和专业检索四种方式。在每种方式的检索结果（包括二次检索的检索结果）里都可以进行二次检索，可以无数次的进行，逐步缩小检索范围，直至检索结果为零。　　++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++　　重庆维普资讯有限公司是科学技术部西南信息中心下属的一家大型的专业化数据公司,是中文期刊数据库建设事业的奠基人。自1989年以来,一直致力于期刊等信息资源的深层次开发和推广应用,集数据采集、数据加工、光盘制作发行和网上信息服务于一体；收录有中文期刊8000种,中文报纸1000种,外文期刊4000种,拥有固定客户2000余家。目前已成为推动我国数字图书馆建设的坚强支柱之一。　　在以上的数据库中，最为常用也最受大家欢迎的是《中文科技期刊数据库》。它源于重庆维普资讯有限公司1989年创建的《中文科技期刊篇名数据库》，其全文和题录文摘版一一对应，经过16年的推广使用和完善，全面解决了文摘版收录量巨大但索取原文繁琐的问题。全文版的推出受到国内广泛赞誉，同时成为国内各省市高校文献保障系统的重要组成部分。《中文科技期刊数据库》还是目前世界最大的连续动态更新的中文期刊全文数据库，积累全文文献728多万篇，分七大专辑:自然科学专辑、农业科学专辑、医药卫生专辑、教育科学专辑、经济管理专辑、图书情报专辑、工程技术专辑 。　　=++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++　　万方数据库简介　　知识来源：万方数据股份有限公司是国内第一家以信息服务为核心的股份制高新技术企业，作为国内第一批开展互联网服务的企业之一，万方数据坚持以信息资源建设为核心，努力发展成为中国第一的信息服务提供商，开发独具特色的信息处理方案和信息增值产品，为用户提供从数据、信息到知识的全面解决方案，服务于国民经济信息化建设，推动中国全民信息素质的成长。　　覆盖范围：自然科学、数理化、天文、地球、生物、医药、卫生、工业技术、航空、环境、社会科学、人文地理等各学科领域。　　收录年限：《中国会议论文全文数据库》主要收录1998年以来国家级学会、协会、研究会组织召开的全国性学术会议论文。

国外有一些免费开源软件不错，比如mendeley，zotero， 但一方面不支持中文，另外zotero只可以配合firefox使用，不支持ie）， 国内有两款notefirst和noteexpress二者功能上大同小异，各有特点不过noteexpress要收费，约200左右。notefirst的普及版是永远免费的，而且功能上几乎没有限制。推荐：notefirst中文文献管理软件中，有NoteExpress、文献之星、医学文献王、PowerRef等，其中NoteExpress是目前较好的中文文献管理软件。